二 對事業單位、社會團體征稅問題，1997年財部、國家稅務總局下發了《通知》，1999年國家稅務總局又下發了《事業單位、社會團體、民辦非企業單位企業所得稅征收管理辦法》(以下簡稱《辦法》)，然而在實際征管中仍然出現了許多問題，我們認為有些政策，還有不夠完善之處。
(壹)企業所得稅征免方面。
醫院取得的收入主要有五項:①財政補助收入;②上級補助收入;③醫療收入;④藥品收入;⑤其他收入(包括培訓收入、救護車收入、廢品變價收入、不受用途限制的捐贈和對外投資收益、利息收入等)。對照《通知》和《辦法》，我們認為:
1、①②項屬免稅收入。《通知》第二條第四款規定:事業單位從主管部門和上級單位取得的用於事業發展的專項補助收入屬免征企業所得稅收入;《辦法》第三條第(壹)項規定:財政撥款收入應免征企業所得稅。
2、③項是否征稅存在疑問。《通知》第二條第三款規定:經國務院、省級人民政府批準或省級財政、計劃部門***同批準，並納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理的行政事業性收費，應免征企業所得稅。這條規定有三層含義:壹是必須是行政事業性收費;二是必須是經國務院、省級人民政府批準或省財政、計劃部門***同批準收取的收費項目;三是收費收入必須納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理。對照此規定醫療收入有三處疑問需要澄清:
(1)醫療收入是行政事業性收費，還是經營性收入?
(2)是否省級財政、”物價”部門***同批準的醫療收費項目不屬於免稅範圍?
(3)《辦法》中免征企業所得稅項目沒有包含”省級財政、計劃部門***同批準”，是否從1999年度起，省級財政、計劃部門***同批準的收費項目就不屬於免稅範圍?
3、④⑤項適用政策存在爭議。醫院的效益大多來源於藥品收入，我們認為藥品收入和其他收入屬經營性收入，不適用行政事業性收費的有關政策，應征收企業所得稅。但醫院方認為藥品收入和部分其他收入(如救護車收入等)是與醫療收入不可分割的，屬於行政事業性收費的壹部分，應適用事業性收費征免稅有關政策。
三《營業稅暫行條例》第八條 下列項目免征營業稅:(三)醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務;