增值稅專用發票逾期，則表示未在規定期限內認證抵扣。對於逾期增值稅專用發票的處理方法，可以作如下規定:
1.根據《關於調整增值稅抵扣憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)
1，增值稅壹般納稅人應自開具之日起180日內到稅務機關進行認證，並在認證後的次月申報期內向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。？
2.取得2010 1 10 1之後開具的增值稅專用發票、道路和內河貨物運輸統壹發票、機動車銷售統壹發票和海關繳款書的增值稅壹般納稅人，未在規定期限內到稅務機關認證、申報抵扣或申請審核比對的，不得視為合法的增值稅抵扣憑證，不得計算進項稅額抵扣。
2.為保護納稅人合法權益，根據《國家稅務總局關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告第50號，2011)，經國務院批準，現將2007年1後開具的增值稅扣稅憑證抵扣情況公告如下:
1.與增值稅壹般納稅人發生真實交易，但因客觀原因造成增值稅抵扣憑證逾期的，經主管稅務機關審核，逐級上報，中華人民共和國國家稅務總局認證，並與匹配的增值稅抵扣憑證進行比對，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
壹般納稅人增值稅扣繳憑證因本公告第二條規定以外的其他原因逾期的，仍按照增值稅扣繳憑證抵扣期限的有關規定執行。
三、客觀原因包括以下幾種類型:
1.因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素導致增值稅抵扣憑證逾期的；
2.增值稅扣稅憑證被盜、被搶，或者因遺失、郵寄錯誤導致過期的；
3、有關司法行政機關在辦理業務或檢查、扣繳增值稅扣稅憑證時，納稅人不能正常履行申報義務，或稅務機關信息系統、網絡出現故障，未能及時處理納稅人的網上認證數據，導致增值稅扣稅憑證逾期；
4.因經濟糾紛，買賣雙方未及時交付增值稅扣稅憑證，或納稅人變更納稅地點，註銷舊戶、重新辦理稅務登記時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；
5.因納稅人身故或受傷、突發重大疾病或擅自離職，增值稅抵扣憑證逾期的；
6.中華人民共和國國家稅務總局規定的其他情形。
四、根據《中華人民共和國國家稅務總局關於修訂的通知》(國稅發〔2006〕156號)，
1.壹般納稅人取得專用發票後，如果銷售退回，開票錯誤等。，但不符合作廢條件，或發生銷售部分退貨、銷售折扣的，由買方填寫《開具紅字增值稅專用發票申請表》向主管稅務機關申報。
2.申請表對應的藍色專用發票應經稅務機關認證。認證結果為“認證合格”且已抵扣增值稅進項稅額的，壹般納稅人在填寫申請表時不填寫相應的藍色專用發票信息。
3.主管稅務機關對壹般納稅人填寫的申請表進行審核後，開具紅字增值稅專用發票開具通知書(以下簡稱通知書)。
4.買方必須從當前進項稅額中臨時轉移通知中列出的增值稅金額。未從增值稅進項稅額中扣除的，可計入當期進項稅額。取得賣方開具的紅字專用發票後，與留存聯壹起作為記賬憑證。
5.賣方憑買方提供的通知單開具紅字專用發票，在防偽稅控系統中負輸出開具。