１．稅收負擔缺乏公平性
稅負公平是各個國家在各個時期制定稅收政策的基本要求和準則之壹，它包括稅收的橫向公平和縱向公平。我國現行稅收制度和稅收政策是在社會主義市場經濟建立初期形成的，稅收負擔在當時雖存在某些不公平現象，但矛盾並不顯得十分突出。隨著市場經濟逐步走向成熟及對外開放程度的擴大，宏觀經濟環境發生了重大變化，而我國現行稅收政策卻未能適應這壹要求作出相應調整，不公平性的矛盾日益突出。
生產型增值稅造成資本有機構成不同的企業稅收負擔不同。由於生產型增值稅對企業購進的固定資產所含進項稅額不予抵扣，使資本有機構成越高企業稅收負擔也就越重，嚴重阻礙了高新技術產業的發展，影響了我國產業結構的調整。
內外兩套所得稅制度並存，使內資企業在國內外的市場競爭中處於極為不利的地位，民族工業發展受到阻礙。
個人所得稅的分類課稅模式及不合理的費用扣除制度，難以發揮稅收的收入分配作用，致使收入分配差距拉大，分配不公矛盾突出。
多層次稅收優惠政策不僅雜而亂，而且加大了地區之間經濟的不平衡發展。
２．稅收政策缺乏相對穩定性
這主要表現在稅收政策在制定過程中，由於對經濟形勢估計不足，缺乏深入調查研究和論證，常常是壹個政策剛出臺不久，不僅納稅人甚至稅務機關還未見到正式的紅頭文件，
，政策又被重新調整，令人們措手不及，應接不暇。另壹方面就是頭痛醫頭、腳痛醫腳現象比較突出。
二、稅收管理環境方面的問題
１．稅收征管手段落後，信息化建設水平低
稅收制度和稅收政策對宏觀經濟調控的有效性，在相當大的程度上取決於稅收征管水平的高低，而征管水平又取決於信息化技術的運用程度。信息化技術有助於加強稅務機關與協稅護稅單位的信息交流與***享，形成稅收管理合力，實現對稅源的嚴密監控和管理。目前我國稅收信息化建設比較落後，壹是稅收信息化水平低，稅收征管信息化含量不高，借助信息技術進行稅收管理的比例偏低；二是稅收信息網絡化水平低，稅務與銀行、工商、國土等部門普遍未實現聯網，稅收信息渠道單壹，信息系統開放性差。
２．社會化稅收監控體系不完善
嚴密的稅收監控體系是保證稅收制度實現的關鍵。雖然我國也很重視社會協稅護稅網絡建設，但是很少從立法的角度明確規定各協稅護稅單位的責任和義務，因此許多部門和單位往往因自身利益需要不願意承擔協稅護稅義務。同時我國市場機制不完善，個人信用制度還未建立，銀行結算相對落後，司法保障體系還未形成，難以實現對個人收入的監控和制約。
３．稅務代理業發展緩慢，代理行為不規範
從其他國家的經驗可以看出，在市場經濟條件下，稅務代理是稅收管理的必然延伸和有益補充，是影響和制約稅收管理效能的重要外部環境。我國的稅務代理業雖經過多年探討與發展，但稅務代理的市場規模仍然狹小，稅務代理的行為極不規範，稅務代理人員的素質也難以適應代理業務的需要。
三、稅收法治環境方面的問題
１．稅收立法不完善
盡管目前稅收立法有了長足進步，但也應看到，現行工商稅制在立法上還存在法律級次低、法律效率不高的問題。除《稅收征管法》、《外商投資企業和外國企業所得稅法》、《個人所得稅法》經過全國人大常委會正式立法外，其他的均還停留在行政法規層次上。
２．稅收計劃與稅收考核工作制度存在缺陷
長期以來，我國稅收計劃的編制不是根據ＧＤＰ的發展變化來確定的，而是采取按上年完成的收入基數加上計劃期增長量來確定的，因此這種計劃指標往往與經濟發展的實際情況偏差很大，而考核工作又是以稅收計劃完成情況論功行賞，以收入論英雄，沒有把執行稅法和征管質量的情況作為考核工作的重要標準，導致地方政府事實上以計劃為依據進行征稅活動。某些地方政府為了完成收入任務，弄虛作假，虛報浮誇，收過頭稅，收入空轉，嚴重影響了稅法的嚴肅性。