國務院秘書長在總理領導下，負責處理國務院的日常工作。國務院設立辦公廳，由秘書長領導。
國務院辦公廳
國務院組成部門(28個)
外交部 國防部 發展改革委 教育部 科技部 國防科工委 國家民委 公安部 安全部 監察部 民政部 司法部 財政部 人事部 勞動保障部 國土資源部 建設部 鐵道部 交通部 信息產業部 水利部 農業部 商務部 文化部 衛生部 人口計生委 人民銀行 審計署國務院直屬特設機構(1個) 國資委
國務院直屬機構(18個)
海關總署 稅務總局 工商總局 質檢總局 環保總局 民航總局 廣電總局 新聞出版總署（版權局）體育總局 安全監管總局 統計局 林業局 食品藥品監管局 知識產權局 旅遊局 宗教局 參事室 國管局
國務院辦事機構(4個)
僑辦 港澳辦 法制辦 國研室 * 臺辦 * 新聞辦 。（* 國務院臺灣事務辦公室與中***中央臺灣工作辦公室、國務院新聞辦公室與中***中央對外宣傳辦公室，壹個機構兩塊牌子，列入中***中央直屬機構序列。）
國務院直屬事業單位(14個)
新華社 中科院 社科院 工程院 發展研究中心 行政學院 地震局 氣象局 銀監會 證監會 保監會 電監會 社保基金會 自然科學基金會
國務院部委管理的國家局(11個)
信訪局 糧食局 煙草局 外專局 海洋局 測繪局 郵政局 文物局 中醫藥局 外匯局 煤礦安監局
* 檔案局* 保密局（* 國家檔案局與中央檔案館、國家保密局與中央保密委員會辦公室，壹個機構兩塊牌子，列入中***中央直屬機關的下屬機構。）
地方各級人民政府