根據上述職責，市審計局設9個內設機構:
(1)辦公室
承辦局機關日常政務和事務，負責局機關各類會議的組織和服務，負責文件的起草、局機關發文的審核和局機關管理制度的起草和制定；負責局人事、勞動和財務工作；管理審計資金；管理審計宣傳、審計信息、新聞發布、報文處理、保密、信訪、檔案管理等事務；審計結果的統計和分析；負責局領導交辦的其他事項。
(2)法規部分
負責全市審計法規的起草、修改和審批，並辦理相關的法律協調工作；組織對下級審計機關和社會審計組織的審計服務質量進行監督檢查；受理審計行政復議和行政訴訟；組織實施局內日常普法工作和審計法制教育宣傳，指導下級審計機關的法制工作。負責編制審計工作計劃，安排年度審計工作計劃；組織和指導全市審計系統的專業知識培訓；組織實施對本局審計項目的審計報告、審計決定和結論性相關資料的初審和復審；負責審判委員會的日常審判工作。
(三)經濟貿易審計科
負責對市政府有關部門及其所屬單位的財務收支進行審計；根據有關法律法規和市政府的規定，組織對國有或國有控股企業及其他企業的審計監督；開展專項審計和審計調查；指導下級經貿審計業務。
(4)固定資產投資審計科
根據有關法律法規，對全市固定資產投資和重點建設項目進行審計和監督；負責審計市級投資管理部門和國有建築企業的財務收支；開展專項審計和審計調查；指導下級固定資產投資審計業務。
(5)農業、資源和環境保護審計科
負責對市政府有關部門及其所屬單位的財務收支進行審計；負責對市政府部門管理的和政府委托社會團體管理的農業、畜牧業、林業、水利、資源和環境保護資金的征收、管理和使用情況進行審計；開展專項審計和審計調查；指導下級農牧業和資源環境保護審計。
(6)行政審計科
負責審計市人大機關、CPPCC機關、法院機關、檢察院機關、武警、政黨組織和與市財政有關系的社會團體的財務收支；負責對市政府有關部門、直屬機構及其所屬單位的財務收支進行審計；開展專項審計和審計調查；指導下級行政事業單位的審計業務。
(7)社會保障審計科
負責對市人民政府有關部門及其所屬單位的財務收支進行審計；負責對市人民政府委托社會組織管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支和各類社會福利、救災、扶貧開發、優撫安置、社會捐贈資金的管理和使用進行審計；負責對政府管理的社會保障基金的籌集、管理和使用情況進行審計；開展專項審計和審計調查；指導下級審計機關的社會保障審計業務。
(8)金融和外國投資審計科
擬定市級預算執行和其他財政收支審計的總體方案，總結審計結果；負責對市級預算執行情況、地方稅務局系統稅收征管情況、市級預算資金的劃分、征收和撥付情況進行審計；負責審核區政府預算執行和決算；負責對市財政局、地稅局等部門的財務收支、資產負債、損益進行審計。根據授權，對全市金融保險機構、國家政策性銀行、國有商業銀行、國有非銀行金融機構、國有資產占控股地位或主導地位的銀行或非銀行金融機構的資產、負債、損益進行審計；審計國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支；對世界銀行和亞洲開發銀行向本市提供的貸款和援助項目提供審計報告；對國有資產占控股或主導地位的中外合資、合作企業的資產、負債、損益進行審計；開展專項審計和審計調查；指導下級外資財務審計工作。
(9)烏海市經濟責任審計局
負責組織縣以下黨政機關、審判機關、檢察機關、群眾團體、事業單位、國有及國有控股企業正職(或副職)領導幹部的任期經濟責任審計；負責全市國有及國有控股企業年度經濟效益考核；指導下級經濟責任審計業務。