（1）2005年12月31日（含）前，納稅人實際取得工資、薪金所得，無論稅款是否在2006年1月1日以後入庫，均應適用原稅法規定的費用扣除標準每月800元，計算繳納個人所得稅。
（2）自2006年1月1日起，納稅人實際取得的工資、薪金所得，應適用新稅法規定的費用扣除標準每月1600元，計算繳納個人所得稅。
舉例說明如下：
某單位於2005年12月28日向壹員工發放當年12月份的工資1300元，並扣繳其應納的個人所得稅款，在2006年1月5日繳入國庫。由於該納稅人實際取得工資的時間是2005年12月31日（含）之前，因此，應適用800元的費用扣除標準來計算繳納個人所得稅，即扣繳個人所得稅25元。
該單位又於2006年1月9日向該員工發放2006年1月份的工資1400元，按照規定，這筆在2006年1月1日以後取得的工資薪金所得，在計算個人所得稅時可減除費用1600元，因此不用繳納個人所得稅。
2006年1月12日，該單位再向該員工發放年終壹次性獎金5000元，由於該員工當月工資薪金所得低於1600元（只有1400元），因此，應將年終壹次性獎金減除當月工資與費用扣除額1600元之間的差額後，余額按照《國家稅務總局關於調整個人取得全年壹次性獎金等計算個人所得稅方法問題的通知》（國稅發[2005]9號）規定的方法，計算繳納個人所得稅。據此，單位在發放這筆年終壹次性獎金時，應扣繳個人所得稅240元。計算過程為：
應納稅所得額：5000-（1600-1400）=4800元；
確定適用稅率和速算扣除數：應納稅所得額4800元除以12後為400元，適用稅率為5%，速算扣除數為0；
應納稅額：4800×5%=240元。