我國現代物流業務尚處在起步階段，企業盈利水平不高，稅負相對較重。有關數據顯示，我國物流企業壹般毛利率為4%-6%，稅後純利只有1%-3%。另外，在稅收方面存在營業稅的重復納稅問題，如在物流服務的總包服務、分包操作以及倉儲服務外包等情況下都存在重復繳納營業稅的問題。所以，如何合理避稅是企業應該考慮的現實問題。
物流行業合理避稅的基本方法
稅收籌劃的思路及方法很多，如充分利用稅收優惠政策、充分利用有伸縮性的稅收條文等，通過選擇最佳投資地點、選擇最佳投資產業和行業、選擇最佳籌資方式、重組虧損公司、采用合適的資產計價方法和利用關聯公司轉移定價等，達到合法避稅的目的。
物流企業目前繳納的主要稅種是營業稅及企業所得稅。營業稅的稅收優惠相對較少。從2005年年底開始，國家稅務總局對部分物流企業進行營業稅差額納稅試點工作，目前有4批、394家物流企業進入試點範圍。由於這些企業的運輸和倉儲業務收入實行的是差額納稅，從而解決了營業稅重復納稅的問題，對其發展發揮了積極作用。積極爭取進入試點企業範圍，也是合理避稅的方法。
如何根據企業的實際情況，針對企業所得稅進行納稅籌劃是我們考慮的重點。
1、選擇籌資方式，優化資本結構
按我國現行稅法規定，企業的借款利息支出在壹定範圍內可在稅前列支，而股息支出則只能在企業的稅後利潤中開支。從稅收籌劃的角度看，企業適度向銀行借款和企業間的相互融資要比企業自身積累資金和向社會籌資優越。特別是當公司獲利能力強，負債增加，所得稅降低的幅度更大，公司獲利更多。
2、用好彌補以前年度虧損的所得稅政策
稅法規定，公司如果出現年度虧損可用下壹納稅年度的所得彌補，不足彌補的可逐年延續彌補，但最長不超過五年。盈利公司重組虧損公司，利用虧損公司的虧損來抵消盈利公司的利潤，就可以達到稅收籌劃的目的。
3、選擇適當的國家進行投資
避稅港是跨國公司無不熱衷的地方。目前世界上實行低稅率的避稅港有百慕大、開曼群島、維京群島及香港等。
4、利用關聯公司轉移定價
轉移定價法是企業避稅的基本方法之壹，它是指在經濟活動中有關聯的企業雙方為了分攤利潤或轉移利潤而在產品交換和買賣過程中，不是按照市場公平價格，而是根據企業間的***同利益而進行產品定價的方法。采用這種定價方法產品的轉讓價格可以高於或低於市場公平價格，以達到少納稅或不納稅的目的。 轉移定價的避稅原則，壹般適用於稅率有差異的相關聯企業。通過轉移定價，使稅率高的企業部分利潤轉移到稅率低的企業，最終減少兩家企業的納稅總額。 這也是在華跨國公司避稅的重要方法。
5、合理提高職工福利
中小企業私營業主在生產經營過程中，可考慮在不超過計稅工資的範疇內適當提高員工工資，為員工辦理醫療保險，建立職工養老基金、失業保險基金和職工教育基金等統籌基金，進行企業財產保險和運輸保險等等。這些費用可以在成本中列支，同時也能夠幫助私營業主調動員工積極性，減少稅負，降低經營風險和福利負擔。企業能以較低的成本支出贏得良好的綜合效益。
6、加強日常成本管理
1、加強對發票的管理。發票的名稱、內容、日期等均與稅收密切相關，要註意發票的合法性、真實性以及開具內容，避免取得虛開、代開、借開發票。
2、加強限制性費用與非限制性費用的處理。內資企業發生的工資性支出、業務招待費、廣告費、業務宣傳費、銷售傭金、公益性捐贈支出、固定資產改良及修理支出等屬規定稅法的限制性費用，應盡量向非限制性費用轉變。
3、選擇有利的資產計價方法。對資產存貨計價方法的選擇、壞帳沖銷方法的選擇、固定資產折舊方法的選擇、無形資產攤銷期限的選擇等，都會對當期應納稅所得額產生影響。避稅的思路是盡量實現延緩納稅的目的，追求資金使用價值，如經稅務批準采用固定資產加速折舊法等。