“營改增” 剛實行時，大部分物流企業稅收負擔增加，但仍有部分物流企業能夠順應改革思潮，獲得利潤。受到影響的物流企業應認真分析自身稅負增加的原因，關註宏觀環境，從企業本身調查分析研究，從自身的經營模式和發展特點出發，發現問題積極尋求應對策略。同時，企業要高度關註造成稅負增加的原因，對於內部管理體制不完善導致的稅負增加，要重新審視自身的缺陷，及時找出癥結所在，並采取適當的措施進行改革，不斷完善企業內部管理，提升行業競爭力。
（二）充分運用稅收優惠政策，積極進行稅務籌劃
企業的稅務成本是經營過程中不容忽視的壹項支出，物流企業應進行積極的稅務籌劃。重視稅務成本核算的管理，利用好“營改增”後新的稅收優惠政策，合理安排生產經營和投資活動，努力降低稅負。
（三）增加進項稅抵扣項目，提高進項稅額抵扣率 1.實現企業外包服務
由於“營改增”後進項稅額可進行抵扣，所以企業可以將自身不擅長的業務進行外包，交給外包公司進行運作，外包服務的增值稅進項稅額又可以部分抵扣，既減輕稅負，又能集中資源和資金發展企業核心競爭優勢。
2.保證增值稅專用發票的取得
稅法規定，只有取得增值稅專用發票才能進行進項稅額抵扣，普通發票不予抵扣，且小規模納稅人請稅務局代開的增值稅專用發票的抵扣率僅為3%，取得的增值稅專用發票的稅率也將直接影響進項稅額的抵扣幅度。這需要企業加強管理，全面提高進項稅發票的獲取率，實現全額抵扣。
3.適當擴大進項稅抵扣範圍
（1）考慮將占物流企業成本比例較大的過路過橋費、保險費、租賃費等納入進項稅抵扣項範圍。
（2）由於物流企業經營網點多、發票額度小，設計行業統壹使用的增值稅專用發票，從而解決開票難的現象。
（四）建議統壹各環節稅率，修改壹般納稅人劃分標準
對於物流企業來說，交通運輸服務設置的11%的稅率，但其可抵扣的進項稅額較少。建議在後續的改革中，政府可以將貨物運輸服務也納入物流輔助服務中，設立行業獨有的稅目和稅率。統壹納稅方式，既有利於物流企業壹體化的運作和持續有效發展，又減少了人力成本，提高了稅務機關在增值稅征管方面的工作效率。另外，政府還可以考慮修改部分壹般納稅人的劃分標準，將更多中小型企業也納入壹般納稅人的隊伍當中，為增值稅專用發票的取得創建更有利的環境，進壹步規範市場秩序，便於經濟市場的監管。
改革開放以來，我國的經濟體制在逐步完善，稅制改革與我們的生活息息相關。物流企業作為“營改增”的稅制改革中行業之壹，雖然在壹定程度上避免了物流企業多環節重復征稅等問題，但在實際實施過程中由於稅率增幅過大、固定資產設備更新周期較長、可抵扣項目過少等各種原因，出現了部分物流企業稅負上升的現象。但從長遠來看，“營改增”更有利於生產率高、內部管理制度更完善的企業，所以物流企業要樹立起信心，從長遠發展，積極應對“營改增”帶來的各種風險和挑戰，采取應對措施，提高企業經營管理水平，順應“營改增”稅制改革的浪潮。