(1)如果將余額記入借方，則視為進項稅。根據借方余額，借記“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”科目，貸記本科目。
②如余額在貸方，而“應交稅金-應交增值稅”科目無余額，根據貸方余額，借記本科目，貸記“應交稅金-應交增值稅”科目。
③如果本科目余額在貸方，且“應交稅金-應交增值稅”科目的借方余額等於或大於本科目貸方余額，則根據貸方余額，借記本科目，貸記“應交稅金-應交增值稅”科目。
(4)如果本科目余額在貸方，而“應交稅金-應交增值稅”科目的借方余額小於本科目貸方余額，則沖減這兩個科目的余額，其差額貸記“應交稅金-應交增值稅”科目。上述會計調整應按納稅期間進行。
通常查增值稅的人也會要求繳納城市維護建設稅和教育費附加。因為此事影響以前年度損益，所以要用“以前年度損益”核算，最後調整“期初未分配利潤”。
對於稅收滯納金和罰款，壹般直接計入“營業外支出”。但根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例的規定，稅款滯納金和滯納金不得在計算應納稅所得額時扣除。因此，當年申報企業所得稅時，這筆支出應作為增稅處理。