西寧市國家稅務局設直屬機構2個：稽查局、車輛購置稅征收管理分局，稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局級別為正科級。
1.稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的選案、查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
稽查局設內設機構7個：綜合科，綜合選案科，檢查壹、二科，案件審理科，案件執行科，舉報中心。級別均為副科級。
（1）綜合科
負責起草稅務稽查工作制度、辦法和組織實施工作；負責稅務稽查統計、分析、報表、報告、案件等資料的匯編、上報工作；負責組織對本系統稽查業務考核、業務培訓工作；負責稽查局內部管理工作；負責有關稽查綜合業務的調研工作；負責稅務檢查證的管理工作；負責各項稽查文書使用登記、編號管理工作。
（2）綜合選案科
負責制定和組織實施稽查選案的各項工作制度、辦法；負責分級分類稽查管理工作和專項檢查計劃報批工作；負責案源的接收、稽查任務分配和管理工作；組織、指導和協調案源的收集、整理、分類，確定選案指標及運用分析，利用計算機或人工手段分析和篩選待查納稅人，制作選案分析報告，制定檢查計劃；負責跟蹤考核檢查計劃執行情況；負責案例評析工作；負責案件督辦工作；負責與納稅評估的協調與銜接工作；負責組織、指導、協調稅收專項檢查工作並按時上報專項檢查總結和報表；負責協查工作的統計分析、質量監控、協查工作報表、報告的上報和管理及各類查賬軟件、協查軟件的升級、改版、推廣應用和管理工作；負責保證金稅工程協查子系統的正常運行。
（3）檢查壹、二科
指導、協調本系統稽查部門對稅收違法案件的查處；負責稽查實施工作；負責組織各類重大稅收違法案件和典型案件的查處及重大案件的協查；負責稽查建議工作。
（4）案件審理科
負責指導、管理本系統稽查部門稅務違法案件的審理工作；負責稽查案卷的立卷和歸檔；負責本局查處的涉稅案件的審理、聽證、復議、移送、應訴等相關工作；負責對已查結的案件資料進行整理、歸檔和成果分析；負責組織對本系統稽查案件的復審復查工作；負責案例庫的補充、維護工作；負責本系統稽查建議的上報備案工作；負責稽查局集體審理會議的日常工作。
（5）案件執行科
負責指導、管理本系統稅務稽查查處案件執行環節的有關工作；負責本局直接查辦涉稅案件處理、處罰決定的送達和直接查補稅款、罰款、滯納金的監督入庫工作；依法采取扣繳稅款、查封、扣押等稅收保全措施和拍賣商品、貨物、財產等強制執行措施，阻止出境的布控工作，辦理向人民法院申請強制執行有關事項；負責重大案件的上報、公告、曝光的審查報批工作和本局查處案件的公告、曝光工作。
（6）舉報中心
負責本系統稅收違法案件檢舉的管理工作；宣傳、鼓勵群眾檢舉稅收違法行為；負責受理、管理、處理檢舉材料和信訪接待工作；負責轉辦、交辦、督辦檢舉案件；負責審核檢舉案件的查辦情況；負責上報、通報檢舉事項的查辦情況；負責統計、分析、上報、檢舉管理工作的數據情況；負責對檢舉人的保護、獎勵工作；負責稅收違法檢舉案件管理信息系統的管理、使用、維護工作。
2.車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。