經過政府三年多的討論，村代表選舉條例終於在2003年2月通過，以改革村選舉制度。目前，村代表分為兩類，壹類是“原居民代表”，另壹類是“居民代表”；這就是俗稱的“雙村長制”，兩個群體的選舉分別進行。兩名村代表分別代表居民反映對村務的意見，而原居民代表則負責處理壹切與原居民的合法傳統權益和傳統生活方式有關的事宜。村民代表任期四年，本屆村民代表任期從2003年10月的1到2007年3月的31。
參加土著村民代表選舉的選民必須年滿18周歲，並且是該村的土著居民或其配偶。原居民的定義是在1898年已經是該村居民的人，或原居民的父系後裔。參加居民代表選舉的選民需為18歲的香港永久性居民，並在該村連續居住滿三年。
代表選舉候選人須為年滿21歲的香港永久性居民，由所屬團體的五名登記選民提名，並登記為所屬團體的選民。原居民代表候選人必須是原居民；居民代表候選人必須在本村連續居住六年。
2003年7月至8月，首屆雙村長制村民代表選舉舉行，部分投票站涉嫌“曬馬”(聚眾互相展示實力)。明報報道，8月17日，元朗屏山投票站外有數百人大聲辱罵村民，香港警方反幫派單位以非法集會拘捕27人。得知此事後，候選人鄧質問警方“為什麽要逮捕他的競選團隊”。時任民政事務局局長的何誌平稱該事件為“點綴”，否則“就不是鄉事選舉了”。
首屆“雙村長制”村代表選舉，投票率為72.91%，居民代表選舉為74.1%。新壹屆村代表選舉將於2007年6月6日至2月4日的星期六及星期日舉行，現邀請候選人提名(至2006年2月6日)。