增值稅專用發票丟失是增值稅壹般納稅人業務流程中的常見現象。
丟失增值稅專用發票後，應明確丟失發票的責任。如果是銷售者的責任，稅務機關要接受未按規定保管發票的處罰。如果是買方的責任，需要要求對方出具丟失發票的說明或主管稅務機關對其未按規定保管發票的處罰證明；
增值稅專用發票如有遺失，應按下列情況處理:
買方丟失了增值稅專用發票。
1.丟失前經證明壹致的，經買方主管稅務機關核準後，買方可使用賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件和賣方當地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票納稅申報證明作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
2.遺失前未認證的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件認證。經認證的，由賣方當地主管稅務出具的專用發票記賬聯復印件和遺失增值稅專用發票納稅申報表復印件，經買方主管稅務審批後，可作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
2.賣方丟失了增值稅專用發票。
1.如發現空白未開封的增值稅專用發票丟失，先按規定程序向銷售方當地主管稅務機關和公安機關掛失，接受稅務處罰；其次，由主管稅務代理人收取“掛失費”，統壹發(送)納稅人姓名、發票號、字軌號、蓋章與否等。對遺失的專用發票要在《中國稅務報》等稅務報刊上刊登《遺失聲明》。
2.)賣方遺失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯的，應當在申報納稅後向主管稅務機關申請開具遺失增值稅專用發票納稅申報證明，並將該證明和遺失發票記賬聯復印件交買方抵扣。
3.如果賣方丟失已開具專用發票的抵扣聯和發票聯中的壹聯(兩聯並非全部丟失)，買方可使用未丟失的聯到主管稅務機關認證記賬，聯可留存備查。