(壹)收入確認原則的差異
1.企業會計制度在確認收入時遵循“實質重於形式”的原則，需要會計從業人員的專業判斷，側重於收入的實質實現，是否按照交易的實質作為銷售收入處理，而不是按照其法律形式進行核算和反映。雖然在稅收上也強調“實質重於形式”的原則，但盡量減少“選擇和判斷”的空間，以方便稅收管理，體現公平。同時，稅務人員也很難對會計從業人員職業判斷的合理性做出裁決。此外，稅法更註重完成交易的法律要件。只要發生應稅行為，無論企業是否進行銷售加工，都要按照稅法納稅。
2.會計核算遵循“謹慎性原則”。在確認收入時，要考慮其帶來的風險，避免高估資產和收入。稅法沒有考慮商品所有權上的收入風險，屬於企業的經營風險，應該用企業的稅後利潤來補償。國家不享受企業的利潤，當然也不應該承擔企業的經營風險。比如直接支付方式銷售商品，銷售者只要取得索要銷售憑證，即未收到貨款，就應該申報繳納增值稅和消費稅。客戶因信譽等原因拖欠貨款，屬於價格結算問題，國家不承擔企業經營中的風險。
(二)收入確認時間的差異
會計制度規定，只要收入確認的四個條件同時滿足，當期就確認收入；如果四個條件都不滿足，當期就不能確認收入。例如，在托收承付和委托銀行托收方式下，買方發生財務困難，當期不能確認收入，但應發出商品，待買方財務困難消失後才能確認銷售收入。稅法對應納稅所得額的時間作了不同的規定。增值稅、營業稅、消費稅、企業所得稅都分別規定了應納稅所得額的確認時間。同時，在同壹稅種下，應納稅所得額的確認時間也應區分不同的交易性質。采用托收承付、委托銀行托收方式銷售貨物時，稅法規定，貨物發出並辦理托收手續的當天，發生繳納增值稅、消費稅的義務，需要申報納稅。
(C)收入計量的差異
1.企業銷售商品的收入通過主營業務收入和其他業務收入科目核算和反映。稅法確認銷售商品收入，不僅包括會計的主營業務收入和其他業務收入，還包括會計不作收入的價外費用和視同銷售。
2.在會計上，企業必須滿足收入確認的四個條件，才能確定收入。在會計核算中，當企業的銷售行為不符合收入確認條件，不確認收入時，只能按照成本結轉“發出商品”，稅法可能將其確定為應納稅所得額。
3.會計根據商業折扣收取的實際價格確認銷售商品的收入。為了保證進項稅額抵扣的準確性，稅法明確規定，在同壹張發票上分別註明銷售額和折扣額的，可以按照折扣後的余額作為銷售額計算增值稅；折扣金額單獨開票的，無論財務如何處理，都不得從銷售金額中扣除。同時，稅法還規定，打折銷售(稅法將商業折扣定義為打折銷售)僅限於商品價格的折扣。賣方用實物生產、加工、購買的貨物折價的，實物金額不能從貨物銷售額中扣除，應按增值稅條例中“贈與他人”的規定計算征收增值稅。