但損失不會影響以後的納稅。
妳公司現在面臨的情況是:由於長期掛失，稅務局不信任妳的財務賬目，認為妳有欺詐行為。所以稅務局不會再以妳根據會計賬簿填寫的納稅申報表作為計稅依據，而是直接核定妳的稅款，不管妳有沒有賬，不管妳的賬簿是虧損還是盈利。這就是妳說的“不能用成本發票抵稅”，妳賬面上成本發票再多也沒用。
稅務局在妳的企業所得稅核定征收時，壹般會核定妳的應稅所得率(即納稅利潤與收入的比率)。比如核定妳的應稅所得率為10%(看妳單位所屬行業和稅務局執法人員心情)。
在這種情況下，所得稅通常根據妳的發票金額來計算。如貴公司開票金額為65438萬元，則應納所得稅=收入*應納稅所得額*所得稅率= 10 * 10% * 25% = 0.25萬元。
可以改過自新。
但是首先妳要權衡壹下，妳前期的長期虧損是真實的還是賬面上做出來的？如果妳過得很苦，不怕被稅務局調查，那麽妳可以考慮提起行政復議。另外，妳也要考慮負責得罪人，以後給妳排也不劃算。
另外，其實企業批稅也不壹定不經濟。如果和專管關系好，可以把應稅所得率定得低壹些，可能比審計稅交得少。而且避免了很多費用需要開發票增加成本的麻煩，因為稅局在核定稅款的時候是不會管妳拿收據當賬的。妳明白嗎？
是否提起行政復議要慎重權衡，盡量不要提起。