二是為堵塞因轉型可能會帶來的壹些稅收漏洞，修訂後的增值稅條例規定，與企業技術更新無關且容易混為個人消費的自用消費品（如小汽車、遊艇等）所含的進項稅額，不得予以抵扣。
三是降低小規模納稅人的征收率。修訂前的增值稅條例規定，小規模納稅人的征收率為6％。根據條例的規定，經國務院批準，從1998年起已經將小規模納稅人劃分為工業和商業兩類，征收率分別為6％和4％。考慮到增值稅轉型改革後，壹般納稅人的增值稅負擔水平總體降低，為了平衡小規模納稅人與壹般納稅人之間的稅負水平，促進中小企業的發展和擴大就業，應當降低小規模納稅人的征收率。同時考慮到現實經濟活動中，小規模納稅人混業經營十分普遍，實際征管中難以明確劃分工業和商業小規模納稅人，因此修訂後的增值稅條例對小規模納稅人不再設置工業和商業兩檔征收率，將征收率統壹降至3％。
四是將壹些現行增值稅政策體現到修訂後的條例中。主要是補充了有關農產品和運輸費用扣除率、對增值稅壹般納稅人進行資格認定等規定，取消了已不再執行的對來料加工、來料裝配和補償貿易所需進口設備的免稅規定。
五是根據稅收征管實踐，為了方便納稅人納稅申報，提高納稅服務水平，緩解征收大廳的申報壓力，將納稅申報期限從10日延長至15日，納稅人進口貨物的納稅時間，由7日調至14日。明確了對境外納稅人如何確定扣繳義務人、扣繳義務發生時間、扣繳地點和扣繳期限的規定。