1、當前稅收征管中存在的主要問題，風險管理理念有待更新。稅收風險管理理念作為國際上壹種先進的管理理念，引入我國稅收管理實踐的時間還不長，稅務人員對稅收風險管理理念的學習和認識還有壹個過程，稅收管理工作仍然停留在原有的思維模式中，風險管理還沒有普遍運用到稅收征管中去，征納雙方法律地位平等的理念還沒有從根本上樹立起來，納稅人忽視稅法遵從和風險管理的現象依然存在。
2、稅收征管程序有待規範。現行稅收征管程序是根據原34字征管模式制定的，在實施稅源專業化管理新體系下已顯得陳舊和不完善，稅源管理缺位的問題比較明顯，重點稅源管理程序不細化，中小稅源管理程序過於復雜。納稅評估的法律地位不明確，納稅評估的質量不高，對納稅申報真實性、合法性審核不到位，稅收征、管、查等環節的配合不協調，制約征管質量和效率的提高。
3、稅源分類管理有待改進。管戶與管事相結合、屬地管理與分類管理相結合的原則在《稅收管理員制度》中有明確的規定，但在實際征管工作中，稅收管理員仍舊習慣於屬地劃片固定管戶方式，稅源管理職責分工不夠科學，對所有的納稅戶均衡安排征管力量，導致重點稅源和重點行業等高風險領域管理力量不足，征管力量占比相對較低，壹些復雜涉稅事項的管理層級較低。
4、信息管稅水平有待於提高。信息管稅為稅源管理提供支撐作用，全面、及時、準確六字數據采集要求不能落到實處，現有數據質量水平不高。政府部門等第三方配合不夠，第三方信息***享平臺沒有建立起來，內、外部涉稅信息比對困難較多。數據分析設立的指標較多，沒有建立統壹的數據分析模型，缺少壹個統壹的數據分析應用平臺，傳統的分析手段無法適應信息管稅的新形勢。
5、稅源管理運行機制有待加強。由於稅源管理運行機制仍在探索過程之中，完善互動機制的相關法規、制度還不夠配套。就內部而言，目前稅源互動機制在環節上不夠流暢，銜接不緊，影響了其應有效能的發揮。就外部而言，稅務部門與政府部門等單位缺乏信息交換，壹些部門對協稅護稅工作重視不夠，主動參與的積極性不高，不願提供涉稅信息，加大了稅源監控工作難度。