廣東徐聞珊瑚礁國家級自然保護區管理局設局長壹名，副局長壹名，下設辦公室、資源環境處、技術研究處三個科室。
辦公室職責:負責日常事務管理、黨務、紀檢、文化、宣傳、組織人事、政策法規、對外聯絡協調、文字檔案、信息、財務、資產管理、勞動工資、後勤管理等工作。
資源環境處的職責:負責監測保護區環境生態因子的變化，監督區域內的各項活動，制定資源管理規劃和資源的日常管理，宣傳和實施保護區的法律法規。
技術研究科職責:負責監測珊瑚種群，研究珊瑚的習性、影響因素和養殖技術，承擔國家和地方有關部門下達的科研任務和合作研究項目或建立保護區，管理科技檔案、科研儀器、設備和圖書。
管理責任制
徐聞珊瑚礁自然保護區的管理目標是在抓好保護、科學研究和宣傳教育三大任務的前提下，把徐聞珊瑚礁自然保護區建設成為海洋生物資源豐富、生態系統穩定、環境良好、物種基因庫豐富、生態旅遊發達的綜合性自然保護區。
主要職責
1，貫徹執行國家有關自然保護的法律、法規、方針和政策；
2.制定自然保護區的各項管理制度，統壹管理自然保護區；
3.調查自然資源，建立檔案，組織環境監測，保護自然保護區的自然環境和自然資源；
4、組織或協助有關部門在自然保護區開展科學研究工作；
5、自然保護區的宣傳教育；
6、在不影響保護區自然環境和自然資源的前提下，組織參觀、旅遊等活動。
科研調查和監測工作
1.設置6個固定樣地，保留利用南海海洋研究所設置的6個珊瑚礁生態定位觀測點。通過野外觀察和取樣實驗相結合，對珊瑚礁生態系統的結構和功能，造礁珊瑚的覆蓋、分布、生長和恢復，珊瑚礁生態系統與環境的關系，珊瑚礁生態系統的動態演替進行了分析和研究。
2.監測自然保護區內浮遊動物、底棲生物、魚卵、仔魚、遊魚等生物漁業資源的生物種群，為保護和管理提供可靠的科學數據。
3.稀有和瀕危物種的監測。監測區內珍稀瀕危物種的種群變化，為保護和管理提供科學依據。
4.生態和環境因素的監測。通過對保護區海域水質、沈積物等因子的監測，提供並分析影響生態環境的主導因子的基礎數據，為自然保護和管理提供科學依據。
5.珊瑚病害發生的研究。
6.珊瑚資源恢復研究。以各方面都適合珊瑚生長的受損典型區域為科研示範區，通過珊瑚無性繁殖、有性繁殖、幼體附著、養殖、成體移植等實驗和研究方法，研究珊瑚資源的恢復，提出珊瑚資源恢復的最佳方法和手段。
7、主要經濟水產品和國家重點保護動物養殖技術研究。研究探索育種方法、育苗技術、栽培技術。
8.經濟海洋生物和藥用海洋生物的綜合利用研究。
9.每年定期開展珊瑚調查活動，調查保護區內珊瑚礁的生態資源。
10，開展珊瑚礁分子生物學研究。