電子專用發票紅沖操作流程如下：
1、進入稅務UKey版開票軟件，單擊發票管理；
2、單擊紅字信息表，增值稅專用發票紅字信息表填開；
3、點選銷售方申請，輸入對應藍字發票，單擊下壹步；
4、紅字信息表保存成功，單擊上傳，審核通過，單擊確認；
5、紅字信息表上傳成功，單擊發票管理、紅字信息表、增值稅專用發票紅字信息表審核；
6、選擇紅字信息表，單擊確定；
7、負數發票確認無誤，單擊開具並打印。
稅人開具電子專票後，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止、銷售折讓等情形，需要開具紅字電子專票的，按照以下規定執行：（壹）購買方已將電子專票用於申報抵扣的，由購買方在增值稅發票管理系統（以下簡稱“發票管理系統”）中填開並上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》（以下簡稱《信息表》），填開《信息表》時不填寫相對應的藍字電子專票信息。購買方未將電子專票用於申報抵扣的，由銷售方在發票管理系統中填開並上傳《信息表》，填開《信息表》時應填寫相對應的藍字電子專票信息。（二）稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過後，生成帶有“紅字發票信息表編號”的《信息表》，並將信息同步至納稅人端系統中。
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法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》第四條
國務院稅務主管部門統壹負責全國的發票管理工作。省、自治區、直轄市稅務機關依據職責做好本行政區域內的發票管理工作。
財政、審計、市場監督管理、公安等有關部門在各自的職責範圍內，配合稅務機關做好發票管理工作。