《財政部國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知》（財稅〔2000〕42號）第壹條“關於非營利性醫療機構的稅收政策”規定：“
（1）對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。不按照國家規定價格取得的醫療服務收入不得享受這項政策。醫療服務是指醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和夥食的業務（下同）。
（2）對非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定征收各項稅收。非營利性醫療機構將取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。
（3）對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。
（4）非營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅收。
（5）對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。” 關於“自用”的證明材料: A1有關房屋產權及用途證明材料、收入用途書面說明(必報); B1取得房屋的買賣合同#B2自建房屋的有關報批證明材料(必報); C1購置房屋的發票#C2自建房屋的有關發票 補充：
（6）需要代扣代繳個人所得稅。
（7）各類應稅合同、憑證，權利許可證照等應當繳納印花稅。
二、對營利性醫療結構的稅收優惠政策
根據《財政部、國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知》（財稅[2000]42號）文件第二條關於營利性醫療機構的稅收政策的規定：
(壹)對營利性醫療機構取得的收入，按規定征收各項稅收。
但為了支持營利性醫療機構
的發展，對營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內給予下列優惠：
（1）對其取得的醫療服務收入免征營業稅；
（2）對其自產自用的制劑免征增值稅；
（3）對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿後恢復征稅。
(二)對營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅。 補充： （4）需要繳納企業所得稅；
（5）需要代扣代繳個人所得稅；
（6）各類應稅合同、憑證，權利許可證照等應當繳納印花稅。