辦公室
負責處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、信息綜合、文書綜合檔案、工作督查督辦、辦公自動化和信訪、保密、稅收宣傳和政務公開工作；制定機關內部規章制度；負責局機關後勤服務工作。
人事教育科
管理系統幹部人事、勞動工資、機構編制工作；負責出國（境）人員的審查、報批工作；負責離退休人員的服務、管理工作；負責思想政治工作和精神文明建設；負責幹部學歷教育和教育培訓工作；負責系統內先進集體、先進個人的評選表彰和基層建設等工作。
監察室
負責監督檢查全市地稅系統各級機關及工作人員執行國家法律、行政法規和規章制度的情況；負責受理人民群眾對全市地稅系統各級機關及其工作人員違反稅收政策、法令、制度問題的檢舉、控告；負責調查處理全市地稅系統各級機關及其工作人員有關行政違紀違法案件；負責組織開展行風廉政教育，加強行風和廉政建設。
稅政科(政策法規科)
負責地方稅稅政業務和征收管理工作；負責國務院、省政府指定的各項基金和費的征收管理工作；按照稅收管理權限，制定具體征收管理辦法，處理執行稅收政策中的有關事項，指導企業財務管理工作；制定地方稅收規範性文件；負責對地方稅收執法情況的監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟、行政處罰聽證和行政復議
計財科
貫徹執行稅收計劃、會計、統計制度；負責地方稅源的預測；負責各項地方稅收、基金、費收入計劃的編制、分配、考核、分析和信息數據的匯總、統計、審核；負責組織稅款入庫工作；辦理地方稅收、基金、費等票證的管理工作；負責全市地稅系統經費、財務、制服、固定資產的管理；參與系統內部審計工作。
征管科
組織實施稅收征管法律、法規及規章、制度，結合實際研究制定加強征收管理的具體辦法；負責稅務登記、納稅申報、普通發票和稅收征管資料的管理，以及地方稅滯補罰收入管理；負責指導個體、私營和零散稅收的征管工作；負責緩繳稅款、呆帳稅金、死欠稅金核銷的審核，以及欠稅和日常稽核工作的管理。
下設納稅服務中心負責納稅服務體系建設；制定並組織實施納稅服務工作規範、具體操作流程及相關制度；負責辦稅服務廳、12366服務熱線、網站等納稅服務平臺的管理；組織協調實施納稅輔導咨詢、稅收法律救濟等工作；負責實施納稅信用體系建設；受理納稅人有關納稅服務的投訴；負責註冊稅務師管理工作；負責駐無錫市行政服務中心工作。
信息管理科
負責制定稅收信息工作規劃並組織實施；負責信息資源的統壹管理、提供信息服務和技術保障；負責稅務管理工作中的資料管理、數據采集、加工分析和信息服務工作；參與地稅系統征管軟件的開發和推廣工作；負責計算機設備的配置、維護和日常管理；負責信息網絡的建設、維護和管理。