(二)確定科學的應交稅費審計程序，使應交稅費審計不會偏離審計目標而有序進行，從而提高審計工作質量。具體流程如下:1，應交稅費業務控制系統審核；2.應納稅業務流程審計；3.應納稅會計信息審計。
(3)及時控制和審計應納稅業務，為實現應納稅審計目標打下堅實基礎。具體包括:1，控制應納稅款的核算範圍。應交稅費包括增值稅、營業稅、消費稅、所得稅、資源稅、土地增值稅、城市維護建設稅、房產稅、土地使用稅、車船使用稅、個人所得稅。印花稅、耕地占用稅等不需要預計繳納數據的稅種不記入本項目；2.控制應交稅費的明細賬戶。應交稅費應設置與應交稅費範圍相協調的明細科目，包括應交增值稅、應交消費稅、應交營業稅、應交所得稅、應交資源稅、應交土地增值稅、應交城市維護建設稅、應交房產稅、應交土地使用稅、應交車船使用稅、應交個人所得稅。3.控制收稅的方式。通常是先收了再還。對於收到和退回的所得稅、消費稅和營業稅，要及時進行賬務處理。
(四)重視應納稅業務流程的審核，最大限度降低審核風險。應納稅業務的處理流程為:明細表→評稅/納稅通知書→最終結算單→計稅。具體包括:1，獲取或編制明細表，並檢查其內容是否真實可靠，是否與總賬和報表數量相等；2.了解是否根據納稅評估或納稅通知的稅種、計稅依據、稅率確定應稅內容，核實減免稅範圍和期限；3.分析稅務部門匯總結算單據的有效性，並與清單核對；4、檢查各種應納稅額計算的正確性。
(5)精心選擇應交稅費審計的切入點，確保應交稅費審計目標的實現。