審計主體和對象不同。預算執行的實施審計主體是本級審計機關，審計對象是同級財政、稅務等部門及相關預算單位。財政決算的實施審計主體是上級審計機關，審計對象是下級政府及財、稅等部門和單位。
審計的具體內容不同。預算執行審計主要是揭示預算執行中預算編織不完整準確，不按照法定的批準預算執行，預算收入不按規定的級次、科目和期限繳入國庫，隱瞞、截留、占用、挪用或拖欠預算收入，超預算撥款，擴大開支範圍或擅自改變支出用途，結余結轉資金不完整準確等問題，分析評價本級預算執行情況和結果。財政決算審計主要是揭示財政決算編報不真實，虛收虛支財政收支，擠占挪用專項資金，挖擠上級收入和國家財經政策落實不到位等問題，分析評價財政決算的真實性、完整性，以及財政收支規模、結構和財力狀況。
審計的目標和方向不同。由於同級財政預算執行審計與下級政府的財政決算審計出發點和任務的不同，它們的側重點也有所區別。前者側重於促進地方政府認真貫徹執行財經法規，強化財政預算管理，堵塞經濟漏洞，向政府及人大反映籌集、分配和使用預算資金過程中存在的問題，提出具有宏觀指導性的意見和建議，確保本級財政收支的暢通和預算平衡。後者側重於檢查下級政府財政收支結果的真實、合法和有效，重點集中在維護政令統壹和上下級財政利益的合理分配方面，以及下級預算執行“同級審”監督不了而又事關全局的財經政策問題。決算審計中還要堅持“事權、財政管理權和審計監督權相統壹”的原則，樹立對下級決算審計為本級預算執行審計服務的觀念，避免與下級政府“同級審”相重復。
作用及效果也不盡相同。同級預算執行審計的作用具有及時性、建設性。預算執行是財政預算收支在預算年度中的實現過程，針對審計查出的問題，從完善政策制度、健全預算管理機制、增強預算分配使用透明度方面提出對策性建議，可以在年度決算編報或批復前得以糾正，違紀問題所造成的影響和損失小。而對下級財政決算審計中發現的違紀違規問題，在定性及處理上具有相對高的權威性和超脫性，震懾力度較大。因為財政決算是財政預算收支的執行結果和總結，它所反映的數字和情況是不可變的，這樣便於審計人員依法認定和處理，有利於維護國家政令統壹和上級政策的嚴肅性，有利於上下級政府財政利益的正確合理分配，起到以儆效尤的作用。