根據《財政部、稅務總局關於個人所得稅法修改後有關優惠政策銜接問題的通知》，企業為員工發放的福利費屬於個人因任職或受雇取得的所得，包括工資、薪金、獎金、年終加薪、勞動分紅、津貼、補貼等，應依法繳納個人所得稅。過節費也計入員工的工資總額，按工資、薪金所得繳納個人所得稅。工資個人所得稅的計算公式為：應納稅所得額=稅前工資收入金額-五險壹金（個人繳納部分）-費用減除額；應納稅額=應納稅所得額乘以稅率-速算扣除數。因此，員工的福利費在計算個人所得稅時應納入工資總額進行稅務處理。
員工福利的稅務處理：
1、福利費的稅前扣除：根據稅法規定，企業為員工提供的某些福利費用可以在計算應納稅所得額時扣除；
2、個人所得稅的影響：員工獲得的福利可能會被視為個人所得，從而需要繳納個人所得稅；
3、福利費用的種類與稅務規定：不同類型的員工福利（如餐飲補貼、交通補貼、住房補貼等）可能有不同的稅務處理方法；
4、稅務申報與記錄保持：企業需要在稅務申報中正確填報福利費用，並保持相關記錄以備稅務檢查時提供；
5、非貨幣性福利的稅務處理：如公司提供的實物福利或服務可能需要按照公平市場價值評估並計入稅務處理。
綜上所述，根據相關政策，員工的福利費應納入工資總額進行個人所得稅的繳納。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第二條
下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（壹）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。
居民個人取得前款第壹項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合並計算個人所得稅；非居民個人取得前款第壹項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。