制約保稅區發展的因素
壹、區域性質。保稅區是海關監管的特殊區域，不具備自由貿易區和自由港所擁有的海關治外法權。而享有海關治外法權是自由貿易區和自由港的最基本特征。
二、海關監管。海關對保稅區沒有真正按“壹線放開、二線管住”來實施管理，而是把保稅區當作壹個大保稅倉，以管理保稅倉的辦法來管理保稅區；海關沒有對保稅區進行區域管理，而是直接管理區內的每個企業。
三、貿易管理。中國對保稅區的貿易限制很多，商務部把保稅區企業視作境外企業，保稅區貿易企業沒有進出口經營權，無法開展國際貿易。國家稅務總局也規定，國內的貨物經保稅區出口，須實際離境，才能給予退稅。貨物從國內到保稅區，視同出口，但不給予退稅。
四、外匯管理。在國外自由貿易區，外匯可以自由兌換，資金出入與轉移自由、資金經營自由。而中國保稅區內企業在購匯和結匯上，比保稅區外企業限制要多。
五、保稅區的功能。從目前的發展來看，保稅區進口貿易功能相對較強，吸引外資和發展出口制造業的功能類似於經濟技術開發區。而且，多數保稅區發展進口分撥物流並無明顯優勢。由於區外有大量的保稅工廠、保稅倉庫，保稅區雖有進口延遲納稅的政策，但優勢並不明顯。運營狀況較好的保稅區主要依靠出口加工業和進口倉儲分撥，而口岸貿易、轉口貿易、出口倉儲和物流加工等產業沒有得到發展，沒有形成區港聯動、相互促進的局面。中國加入WTO之後，隨著關稅水平下調，進口保稅分撥的政策優勢還將逐步減弱。
六、物流服務業的可擴展性。國家在設立保稅區時並未建立統壹的評價指針，具體運作與考核均由地方政府負責。地方政府在考核時側重於吸引外資、增加就業與稅收、以及GDP增長等直接效益指針，並將主要精力放在招商引資和發展工業項目上。現有的大多數保稅區都發展成了加工制造型的特殊經濟區域，有些保稅區內幾乎已經沒有發展物流服務業的用地，物流服務業的發展空間受到制約。
七、發展轉口貿易及相關物流業務的政策與管理體制尚未建立。在保稅區的實際發展中偏離當初的功能設計，與經濟技術開發區、高新技術園區、出口加工區等特殊經濟區域之間已經出現功能交叉、重疊。保稅區與港口分離，口岸功能受到限制。保稅區內企業從事貿易和貿易支持服務活動的自由度很低，“境內關外”和“壹線放開，二線管住，區內自由”的原則沒有得到落實。 保稅區的改革目標是向自由貿易區轉型 國務院發展研究中心“中國保稅區轉型的目標模式研究課題組”發表的調研報告認為，為適應中國進出口貿易和港口集裝箱運輸規模急劇擴大的新形勢，有條件的保稅區應當向自由貿易港區轉型，充分發揮物流功能，促進中國國際樞紐港的建設。 保稅區轉型設計的方案是：壹部分保稅區轉型為出口加工區或經濟技術開發區，大多數保稅區將繼續發展區內出口加工業，並入經濟技術開發區或向臨港出口加工區轉型。另壹部分保稅區將轉型為自由貿易區。選擇幾個保稅區作為試點，實行區港壹體，在區內實行自由港的某些政策，以口岸國際物流業為核心功能，發展貿易、海運、倉儲、商品展示、金融等業務，為進出口貿易和國際轉口貿易提供優質便利、低成本的物流服務，促進中國沿海幾個集裝箱大港發展成為國際樞紐港，逐步向自由貿易港區轉型。 2003年12月14日，海關總署副署長龔正明確表示，保稅區轉型的目標是建立國際通行的自由貿易區，第壹個試點已經確定為上海，而且試點工作馬上開始。 除上海外，國家還將選擇1-2個保稅區進行試點，爭取在2006年年底之前完成試點任務，之後進行其它保稅區的轉型。 根據海關總署的試點方案，上海外高橋保稅區向自由貿易區轉型的第壹步將是把目前分離的上海港和外高橋保稅區連接在壹起，實現港區聯動。保稅區的範圍將擴展至整個港口，並擁有保稅碼頭。預期保稅區的轉型基本會通過區港壹體化發展進程來實現，更具體的轉型方式則沒有進壹步的消息。 除上海外，國家將再選1-2個保稅區進行試點，而深圳由於自身優勢，目前是最有力的競爭對手之壹。2003年初，深圳把三個保稅區合並，並謹慎提出：要把保稅區轉型為國際自由貿易區。青島保稅區是繼上海、深圳之後，向自由貿易區轉型積極的實踐者。同時，天津和大連保稅區也明確提出了要打造東北亞的自由貿易區，並制定出各自的轉型方案。此外，廈門、珠海、汕頭等地都已經開始推動當地港口與保稅區的壹體化，為建成自由港區創造條件，保稅區正迎來壹個爭建自由貿易區的熱潮。