運輸合同印花稅的計稅依據是運費金額，稅率為萬分之五。印花稅按運費金額乘以0.05%計算。支付時，借記“稅費-印花稅”，貸記“銀行存款”。應納稅額不足1角的予以免征，稅收尾數在1角以上但不足5分的部分不予計算，滿5分的部分按1角處理。納稅人可自行計算稅額，壹次性加蓋印花或采取其他支付方式。
運輸合同的稅務管理；
1.運輸合同印花稅的征收標準:根據中華人民共和國國家稅務總局的規定，運輸合同印花稅的征收標準通常為合同金額的壹定比例；
2.運輸合同印花稅的納稅人:通常由合同當事人根據合同條款或相關法律法規確定納稅人；
3.運輸合同印花稅申報時間:納稅人應在合同簽訂後的規定時間內向主管稅務機關申報繳納印花稅；
4.運輸合同印花稅的繳納方式:納稅人可以通過稅務機關指定的方式繳納印花稅，如現場繳納、網上繳稅等；
5.運輸合同印花稅的稅務監管:稅務機關將對運輸合同的簽訂和印花稅的申報繳納進行監管，確保稅收的合法合規征收。
綜上所述，運輸合同印花稅以運費金額為基數，稅率定為萬分之五。計算方法是運費金額乘以0.05%，付款時會做會計分錄。應納稅額的計算有具體規定，納稅人可以自行計算選擇合適的納稅方式。
法律依據:
中華人民共和國印花稅暫行條例
第壹
在中華人民共和國境內簽署本條例所列的書簿和收取憑證的單位和個人，為印花稅的納稅人(以下簡稱納稅人)，應當依照本條例的規定繳納印花稅。
第二
下列憑證是應納稅憑證:
(壹)購銷、加工合同、建設工程合同、財產租賃、貨物運輸、倉儲、貸款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的文件。
文章
納稅人根據應納稅憑證的性質，分別按照比例稅率或計件定額計算應納稅額。具體稅率和稅額，依照本條例所附的印花稅稅目稅率表確定。