在稅務處理方面，關於增值稅納稅地點的問題，《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條第（壹）款規定：“固定業戶應當向其機構所在地主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經國家稅務總局或其授權的稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關申報納稅。”上述分支機構屬於其所在區的固定業戶，壹般應向其所在區的主管稅務機關申報繳納增值稅。
關於企業所得稅方面，根據《中華人民***和國企業所得稅暫行條例》及其實施細則的有關規定，實行獨立經濟核算的企業或者組織，為企業所得稅的納稅義務人。所稱“獨立經濟核算的企業或者組織”，是指納稅人同時具備在銀行開設結算帳戶、獨立建立帳簿、編制財務會計報表、獨立計算盈虧等條件的企業或者組織。因此，壹般來講，企業設立的分支機構如果是獨立核算的，應在其所在區進行企業所得稅的納稅申報；如果是非獨立核算的，應由總機構匯總進行納稅申報。
但實務中，如果企業的分支機構獨立開展生產、經營活動卻不獨立核算的，其所在區的稅務機關也會認定其為企業所得稅的納稅義務人。《國家稅務總局關於如何認定企業所得稅納稅義務人的批復》（國稅函發[1998]676號）明確規定：“對經國家有關部門批準成立，獨立開展生產，經營活動的企業或組織，按有關法律，法規規定應該實行獨立經濟核算，但未進行獨立經濟核算的，雖不同時具備稅法規定的獨立經濟核算三個條件，也應當認定為企業所得稅納稅義務人。”
在外區註冊經營的企業可以辦理在其他區設立分支機構，必須在準備設立分支機構的所在地工商局申請，設立分支機構需要提交的文件、證件如下：
1、《企業設立登記申請書》；
2、 名稱手續；
3、 指定委托書；
4、 企業聯系人登記表；
5、 經營範圍涉及前置審批項目的，應提交有關審批部門的批準文件。
辦理的分支機構需提交分支機構函（有限責任公司的提交執照副本復印件並加蓋公司公章即可).
6、 加蓋公章的隸屬企業營業執照復印件