增值稅專用發票丟失是增值稅壹般納稅人經營過程中經常發生的現象。丟失增值稅專用發票後，應明確丟失發票的責任。如果是銷售者的責任，稅務機關要接受未按規定保管發票的處罰。如果是買家的責任，需要要求對方出具丟失發票的說明或主管稅務機關對其未按規定保管發票的處罰證明，然後按以下方式處理:1。銷售方丟失增值稅專用發票(1)，丟失空白未開封的增值稅專用發票，應先按規定程序向銷售方當地主管稅務機關和公安機關掛失，接受稅務機關處罰；其次，由主管稅務機關代為收取“掛失費”，統壹發(送)納稅人姓名、發票號、字軌號、蓋章與否等。對專用發票要在《中國稅務報》等稅務報刊上刊登“遺失聲明”。(2)賣方遺失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯的，應當在申報納稅後向主管稅務機關申請開具遺失增值稅專用發票納稅申報證明，並將該證明和遺失發票記賬聯復印件交買方抵扣。(3)如賣方遺失已開具專用發票的抵扣聯和發票聯中的壹份(兩份未全部遺失)，買方可使用未遺失的復印件到主管稅務機關進行認證和記賬，復印件可留存備查。2.如果買方丟失增值稅專用發票(1)且在丟失前經過認證，買方可以使用賣方提供的相應專用發票的記賬聯復印件和賣方當地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票的納稅申報證明，經買方主管稅務機關核準後作為進項增值稅抵扣憑證。(2)丟失前未認證的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件，以及賣方所在地主管稅務機關出具的專用發票記賬聯復印件和丟失的增值稅專用發票納稅申報證明進行認證，經買方主管稅務機關審核批準後作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
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