增值稅專用發票跨年掃描認證是可以的。認證期限是180日。不受是否跨年度限制。在規定時間內未進行認證，不能抵扣進項稅額，但是還是可以入賬處理的。購進的物資未驗收入庫，但對方增值稅專用發票已經開具，購進方取得發票的時間推後，在取得增值稅專用發票後才入賬，這種情況也會存在的，是合理的。
增值稅是以商品含應稅勞務在流轉過程中產生的增值額作為計稅依據而征收的壹種流轉稅。從計稅原理上說，增值稅是對商品生產、流通、勞務服務中多個環節的新增價值或商品的附加值征收的壹種流轉稅。
《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第二十七條 下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
（壹）用於簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產。其中涉及的固定資產、無形資產、不動產，僅指專用於上述項目的固定資產、無形資產（不包括其他權益性無形資產）、不動產。納稅人的交際應酬消費屬於個人消費。
（二）非正常損失的購進貨物，以及相關的加工修理修配勞務或者交通運輸業服務。
（三）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（不包括固定資產）、加工修理修配勞務或者交通運輸業服務。
（四） 非正常損失的不動產，以及該不動產所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
（五）非正常損失的不動產在建工程所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬於不動產在建工程。
（六） 購進的旅客運輸服務、貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務。
（七）財政部和國家稅務總局規定的其他情形。本條第（四）項、第（五）項所稱貨物，是指構成不動產實體的材料和設備，包括建築裝飾材料和給排水、采暖、衛生、通風、照明、通訊、煤氣、消防、中央空調、電梯、電氣、智能化樓宇設備及配套設施。