1、企業持有未認證的增值稅專用發票，可能被視為發票滯留，需向稅務機關說明原因；
2、超過發票開具當月未認證，賣方無法作廢該發票，可能導致稅務機關對企業稅務情況進行深入審查；
3、稅務機關有權核定企業應納稅額，帳目混亂或收入、費用憑證不全，可能導致核定更高稅額；
4、未按規定期限辦理納稅申報，或申報計稅依據偏低，可能遭受稅務機關處罰。
滯留票的處理流程：
1、企業應及時對滯留票據進行清點，確認其具體數量和金額；
2、分析滯留票據產生的原因，是否為內部管理不善或外部因素導致；
3、根據滯留票據的性質和原因，制定相應的處理措施，如退回供應商或向稅務機關申報作廢；
4、加強內部管理，防止滯留票據再次發生，提高財務管理效率和規範性。
綜上所述，企業滯留票可能導致稅務風險，包括需解釋未認證增值稅專用發票、面臨稅務審查、被核定更高應納稅額以及因未及時申報或申報不實遭受處罰等問題，這些都可能對企業的財務和信譽造成不利影響。
法律依據：
《增值稅專用發票使用規定》
第十四條
壹般納稅人取得專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》。
《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。
經認證結果為“認證相符”並且已經抵扣增值稅進項稅額的，壹般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。
經認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，壹般納稅人在填報《申請單》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
《中華人民***和國會計法》
第十四條
會計憑證包括原始憑證和記帳憑證。辦理本法第十條所列的經濟業務事項，必須填制或者取得原始憑證並及時送交會計機構。會計機構、會計人員必須按照國家統壹的會計制度的規定對原始憑證進行審核，對不真實、不合法的原始憑證有權不予接受，並向單位負責人報告；對記載不準確、不完整的原始憑證予以退回，並要求按照國家統壹的會計制度的規定更正、補充。原始憑證記載的各項內容均不得塗改；原始憑證有錯誤的，應當由出具單位重開或者更正，更正處應當加蓋出具單位印章。原始憑證金額有錯誤的，應當由出具單位重開，不得在原始憑證上更正。記帳憑證應當根據經過審核的原始憑證及有關資料編制。