企業應當依法設置符合海關監管要求的賬簿、報表等，並接受海關稽查。
企業應當建立符合海關監管要求的計算機管理系統，與海關實行電子計算機聯網和進行電子數據交換。第六條 除法律、行政法規、規章另有規定外，海關對進出平潭以及在平潭內存儲的保稅貨物、與生產有關的免稅貨物以及從區外進入平潭並享受入區退稅政策的貨物（以下簡稱退稅貨物）實行電子賬冊管理。第七條 海關對平潭內設立的臺灣小商品交易市場實行監管，具體管理辦法由海關總署另行制定。第八條 法律、行政法規、規章禁止進境的貨物、物品不得從“壹線”進入平潭，法律、行政法規、規章禁止出境的貨物不得從“二線”以報關方式進入平潭。
平潭內企業不得開展列入《加工貿易禁止類商品目錄》商品的加工貿易業務。第二章 對平潭與境外之間進出貨物的監管第九條 除法律、行政法規、規章另有規定外，海關對平潭與境外之間進出的保稅貨物、與生產有關的免稅貨物及退稅貨物實行備案管理，對平潭與境外之間進出的其他貨物按照進出口貨物的有關規定辦理報關手續。第十條 除下列貨物外，海關對從境外進入平潭與生產有關的貨物實行保稅或者免稅管理：
（壹）生活消費類、商業性房地產開發項目等進口貨物；
（二）法律、行政法規和規章明確不予保稅或免稅的貨物；
（三）列入財政部、稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“壹線”不予保稅、免稅的具體貨物清單的貨物。第十壹條 除法律、行政法規和規章另有規定外，從境外進入平潭的實行備案管理的貨物，不實行進口配額、許可證件管理。
從平潭運往境外的貨物，實行出口配額、許可證件管理。第三章 對平潭與區外之間進出貨物的監管第十二條 平潭內保稅、減免稅、退稅貨物銷往區外，應當按照進口貨物有關規定辦理報關手續；從區外銷往平潭的退稅貨物，應當按照出口貨物的有關規定辦理報關手續。上述貨物應當經海關指定的申報通道進出平潭；辦理相關海關手續後，上述貨物可以辦理集中申報，但不得跨月、跨年申報。
其他貨物經由海關指定的無申報通道進出平潭，海關可以實施查驗。
平潭內未辦結海關手續的海關監管貨物需要轉入區外其他監管場所的，壹律按照轉關運輸的規定辦理海關申報手續。第十三條 區外與生產有關的貨物銷往平潭視同出口，海關按規定實行退稅，但下列貨物除外：
（壹）生活消費類、商業性房地產開發項目等采購的區外貨物；
（二）法律、行政法規和規章明確不予退稅的貨物；
（三）列入財政部、稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“二線”不予退稅的具體貨物清單的貨物。
入區退稅貨物應當存放在經海關認可的地點。第十四條 對設在平潭的企業生產、加工並銷往區外的保稅貨物，海關按照貨物實際報驗狀態照章征收進口環節增值稅、消費稅。
對設在平潭的企業生產、加工並銷往區外的保稅貨物，企業可以申請選擇按料件或者按實際報驗狀態繳納進口關稅。企業沒有提出選擇性征收關稅申請的，海關按照貨物實際報驗狀態照章征收進口關稅。企業申請按料件繳納關稅的，按照以下規定辦理：
（壹）企業應當在手冊備案時壹並向海關提出申請；在海關征稅前，企業可以變更申請；
（二）海關以貨物對應的保稅料件征收關稅；
（三）對應料件如涉及優惠貿易原產地管理的，企業應當在該料件備案時主動向海關申明並提交有關單證，否則在內銷征稅時不得適用相應的優惠稅率；對應料件如涉及反傾銷、反補貼等貿易救濟措施，海關按照有關貿易救濟措施執行。