中山市國家稅務局設置稽查局、車輛購置稅征收管理分局、直屬稅務分局3個直屬機構，稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局、直屬稅務分局級別為正科級；另設4個跨區稽查局，級別為正科級。
（壹）稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作，負責市局直屬稅務分局的稽查業務。
稽查局設8個內設機構（副科級），分別是：辦公室、綜合選案科（含舉報中心職能）、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、檢查四科、案件審理科、案件執行科。
（二）車輛購置稅征收管理分局?
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
車輛購置稅征收管理分局設4個內設機構（正股級），分別是：辦公室、稅政股、稅源管理股、辦稅服務廳。
（三）直屬稅務分局
承擔石岐區、東區、西區和五桂山辦事處納稅戶的納稅申報核實、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務及稅款催報催繳、壹般性違規違章行為處理等工作。
直屬稅務分局設7個內設機構（正股級），分別是：辦公室、稅政股、稅源管理壹股、稅源管理二股、稅源管理三股、稅源管理四股、辦稅服務廳。
（四）第壹稽查局
負責在管轄的範圍內組織貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責對市局交辦、督辦的重大稅務違法案件的查處工作；負責市局轉辦及征收管理部門移交的有關稅務違法案件的查處工作；負責市局稽查局對稽查情況進行復查復審的組織與配合；負責與管轄範圍內的公、檢、法等部門協調稅務稽查中的司法工作；負責增值稅專用發票和其他抵扣憑證涉稅問題稽查和協查工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織管轄範圍內稅收專項檢查和整頓規範稅收秩序等工作；承辦領導交辦的其它工作。
（五）第二稽查局
負責在管轄的範圍內組織貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責對市局交辦、督辦的重大稅務違法案件的查處工作；負責市局轉辦及征收管理部門移交的有關稅務違法案件的查處工作；負責市局稽查局對稽查情況進行復查復審的組織與配合；負責與管轄範圍內的公、檢、法等部門協調稅務稽查中的司法工作；負責增值稅專用發票和其他抵扣憑證涉稅問題稽查和協查工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織管轄範圍內稅收專項檢查和整頓規範稅收秩序等工作；承辦領導交辦的其它工作。
（六）第三稽查局
負責在管轄的範圍內組織貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責對市局交辦、督辦的重大稅務違法案件的查處工作；負責市局轉辦及征收管理部門移交的有關稅務違法案件的查處工作；負責市局稽查局對稽查情況進行復查復審的組織與配合；負責與管轄範圍內的公、檢、法等部門協調稅務稽查中的司法工作；負責增值稅專用發票和其他抵扣憑證涉稅問題稽查和協查工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織管轄範圍內稅收專項檢查和整頓規範稅收秩序等工作；承辦領導交辦的其它工作。
（七）第四稽查局
負責在管轄的範圍內組織貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責對市局交辦、督辦的重大稅務違法案件的查處工作；負責市局轉辦及征收管理部門移交的有關稅務違法案件的查處工作；負責市局稽查局對稽查情況進行復查復審的組織與配合；負責與管轄範圍內的公、檢、法等部門協調稅務稽查中的司法工作；負責增值稅專用發票和其他抵扣憑證涉稅問題稽查和協查工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織管轄範圍內稅收專項檢查和整頓規範稅收秩序等工作；承辦領導交辦的其它工作。
全市範圍內的選案、審理、執行、舉報中心等職能由市局稽查局統壹負責，跨區稽查局均設4個內設機構（正股級），分別為：檢查壹股、檢查二股、檢查三股、檢查四股。