看個活生生的例子，會好理解壹點：
某中外合作企業的外方股東將其持有的股份全部轉讓給中方股東，稅務機關及時提供納稅輔導，***扣繳非居民企業所得稅1348萬元，保證了稅款的及時足額入庫。
相關事實
中國境內的A中外合作經營有限公司（以下簡稱“A公司”），業務範圍為礦產勘查，註冊資本2500萬元人民幣，其中外方加拿大M公司（以下簡稱“M公司”）持股比例為61%，中方B公司（以下簡稱“B公司”）持股比例為39%。
2009年12月，M公司與B公司簽訂股權轉讓協議，將其持有的A公司61%股權作價15500萬元人民幣轉讓給B公司。
案件處理
2010年，稅務機關從B公司獲悉，M公司將其持有的A公司股權轉讓給了B公司，這壹消息引起了稅務人員的註意。
稅務人員調查後獲知：M公司將其持有的全部股權作價15500萬元人民幣，同時截至轉讓股權前，M公司以現金和其他出資方式實際累計出資2019萬元。認定相關事實後，稅務機關告知境內受讓方B公司，依照《企業所得稅法》規定，該公司對非居民企業外方M公司轉讓股權取得的所得有代扣代繳企業所得稅的義務。
但就以上股權轉讓行為，M公司提出異議：認為其所得應按照中加稅收協定第二十條中的“其他所得”類在加拿大繳稅，並提交了《關於在加拿大繳納稅款的申請》。經核查，稅務機關認為，M公司上述交易事項取得的所得屬於財產轉讓收益，應適用中加稅收協定第十三條中的“財產收益”類在中國境內繳納企業所得稅，而不是適用第二十條。
經過與企業進行多次宣傳解釋與溝通，最終達成***識：
1．根據《企業所得稅法》和中加稅收協定第十三條，M公司應就其在中國境內轉讓股權取得的收益繳納企業所得稅。
2．根據國稅函[2009]698號文件以及國稅發[2009]3號文件的規
定，M公司取得的轉讓所得，應以其股權轉讓收入15500萬元減除其實際交付的出資金額2019萬元後的余額確定，即應納稅所得額為13481萬元，應繳企業所得稅1348萬元。該筆稅款由B公司負責扣繳，並向其主管稅務機關申報繳納。
3．M公司轉讓股權屬於財產所有權轉讓行為，其所書立的《股權轉讓合同》，應根據《印花稅暫行條例》的規定，依“產權轉移書據”繳納萬分之五的印花稅，即8萬元。最終B公司扣繳M公司企業所得稅和印花稅***計1356萬元。
案例啟示
中外合作經營企業，是以確立和完成壹個項目而簽訂契約進行合作生產經營的企業；是壹種可以有股權，也可以無股權的合約式的經濟組織，合作雙方可以成立法人企業，也可以采取非法人的方式合作經營。但無論是否有股權，或是否成立法人企業，壹方投資者轉讓其在合作企業或合作項目中的股權或權益，按照《企業所得稅法》，都屬於財產轉讓的範疇，並通常適用稅收協定財產收益條款。
應該註意的是，在非法人合作經營的情形下，非居民企業可能因派人進行日常經營管理等而在境內構成機構、場所，其轉讓股權或權益與該機構場所有實際聯系，則非居民企業對轉讓所得適用的稅率就是25%，而不是按10％稅率扣繳。
通過這個案例應該認識到，對於稅務機關而言，鑒於非居民企業稅源與居民企業密切相關，因而以居民企業為抓手是做好非居民稅收管理的有效保障。同時，針對納稅人對《企業所得稅法》和稅收協定有關規定理解存在困難的情況，稅務機關要加大稅法宣傳的廣度和深度，使內資企業也能了解國際稅收法律及政策，明確其在跨國交易中的責任和義務。
此外，根據《印花稅暫行條例》及其施行細則的有關規定，與非居民企業訂立股權轉讓合同，只要是在中華人民***和國境內書立或領受（簽訂合同不壹定在境內），簽約雙方均應作為印花稅的納稅人，這也是非居民企業和稅務機關在稅務處理過程中需要關註的問題。