辦公室
負責全局行政事務和宣傳工作的組織、綜合、協調等工作，協助局長處理日常工作。
人事處
負責全市地方稅務系統的機構設置、人員編制、幹部管理、教育培訓和工資福利工作，負責本系統職工專業培訓，崗位培訓和職業教育管理等工作。
法制處（國際稅務管理處）
負責北京市地方稅務系統各項法律事宜和法規工作，負責稅收協定執行、國際稅務管理合作及其它涉外稅務協調相關工作。
征收管理處
負責貫徹落實《征管法》及《實施細則》，負責稅務登記、帳薄憑證管理、納稅申報、稅款征收管理工作，負責與政府相關部門的協調、配合工作。
計劃會計處
負責稅收計劃、會計、統計和票證的管理工作。稅務檢查處（稅務違法案件舉報中心）負責稅務檢查及相關工作。
營業稅管理處
負責營業稅、資源稅、城市維護建設稅、教育費附加和文化事業建設費的征收管理工作。
企業所得稅管理處
負責企業所得稅的征收管理工作；負責綜合稅政協調工作；負責協調稅政綜合工作。
個人所得稅管理處
負責個人所得稅的稅政和征收管理工作。
地方稅管理處
負責車船使用稅、印花稅、車船使用牌照稅、契稅、城鎮土地使用稅、房產稅、城市房地產稅、土地增值稅、耕地占用稅、外商投資企業土地使用費的征收管理工作。
納稅評估處
負責研究擬訂納稅評估管理辦法和技術規範，負責稅收征收情況的評估，組織重點稅種、重點行業、重大涉稅事項的評估，組織協調稅務函告、約談工作，組織開展納稅人納稅信譽等級評定工作。
檔案處
負責本系統三年以上業務檔案的接收、整理、保管及查閱下作；負責本系統業務檔案工作的指導和檔案人員的培訓工作。
計劃財務處
分管系統預算資金、財務、裝備、基建、固定資產和政府采購管理工作及市局機關日常財務核算。
研究室
負責起草向市委、市政府和國家稅務總局報送的綜合業務報告、綜合調研報告，起草年度市地稅系統工作報告，起草市局主要領導部分重要講話及文稿，組織、協調、管理市地稅系統調研工作，負責組織研究市地稅系統中長期稅收工作計劃，參與市局領導的重要調研活動，搜集國內、外先進的稅收管理經驗、資料，為領導決策服務。
基層工作處（機關黨委辦公室）
負責本系統的思想政治工作；負責本系統目標責任制的制定、實施和考評工作；負責本機關及直屬單位的黨群工作。
殘保金管理處
負責制定殘疾人就業保障金代征工作的有關制度、管理辦法和措施；負責組織和協調殘疾人就業保障金代征的相關工作。
其它行政機構
老幹部處分管市局機關離退休人員的管理服務工作。
派駐機構
監察處負責全市地方稅務系統黨風廉正建設，負責對內部審計及對工作人員違法、違紀行為的檢查、處理工作。2007年為市紀委、市監察局派駐機構。