1.稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；指導、協調稅務稽查工作。
2.車輛購置稅征收管理分局
組織實施車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的日常管理、日常檢查、納稅服務等工作；組織實施車輛購置稅的稅源管理、納稅評估等辦法；組織實施車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
3.第壹直屬稅務分局
負責全市範圍內的納稅評估和大企業稅收管理工作。
4.第二直屬稅務分局
負責全市外國企業駐京代表機構的稅收管理工作；負責非居民企業稅收管理工作；承擔全市反避稅工作；承擔“走出去”企業的服務與管理工作。
5.第三直屬稅務分局
負責駐華使（領）館退稅管理工作；承擔研發機構采購設備退稅管理工作，以及已退稅設備的日常監管工作；負責軍貿公司出口退稅管理工作；承擔免稅行的退稅的管理工作；負責外貿企業出口貨物退（免）稅的管理工作。
6.第四直屬稅務分局（12366北京呼叫中心）
承擔中央級和北京市級12366納稅服務熱線稅收業務知識庫的運行維護工作，對各省級知識庫運行維護進行監控，對各地專家隊伍進行業務指導；負責全國納稅服務熱線質量監控管理；承擔納稅服務需求調查分析與應用；負責政策問題解答；承擔全國12366各中心的管理指導；負責投訴舉報受理督辦；承辦稅務總局交辦的其他事項；承辦北京市政府交辦北京市國家稅務局、北京市地方稅務局服務於北京市的地方性事項。
7.第五直屬稅務分局（大企業稅收管理局）