舟山市國家稅務局下設舟山市國家稅務局定海稅務分局、舟山市國家稅務局普陀稅務分局、舟山市國家稅務局金塘稅務分局、舟山市國家稅務局六橫稅務分局、舟山市國家稅務局普陀山稅務分局（以下簡稱××稅務分局），分局級別為正科級。
定海、普陀稅務分局內設機構職能設置：
⑴辦公室
負責文秘、信息、信訪、檔案、接待、安全保衛、後勤和財務管理；負責人事教育工作和老幹部管理；負責全局稅收宣傳等工作。對口市局辦公室、財務管理處、人事教育處、機關服務中心等。
⑵監察科
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調部門的黨風廉政建設和反腐敗工作；負責本單位及工作人員貫徹執行黨和國家的路線、方針及有關法律、法規、政策情況的監督檢查；受理對分局工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；配合市局查處分局工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作；負責黨務、工會、***青團、婦委會工作。對口市局監察室、黨委辦、工、青、婦職能部門和團體組織。
⑶綜合業務科
組織落實稅收政策以及增值稅、消費稅、營業稅、所得稅、儲蓄存款利息所得稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理，組織實施有關稅種的納稅評估等工作。主要職能對口市局的政策法規處、貨物和勞務稅處、所得稅處、納稅服務處、征收管理處、進出口稅收管理處、信息中心等。
⑷稅源管理壹科
負責除金塘、六橫、普陀山以外的涉外企業及上級明確規定的大企業稅源管理（包括進出口企業的稅源管理），並對金塘、六橫、普陀山稅務分局大企業和國際稅務管理的業務進行指導管理。對口市局大企業和國際稅務管理處。
⑸稅源管理二科
定海稅務分局稅源管理二科負責定海城區昌國街道、解放街道、鹽倉街道等除稅源管理壹科、稅源管理四科管轄外納稅人的稅源管理（包括進出口企業的稅源管理）。
普陀稅務分局稅源管理二科負責勾山街道、展茅街道（即原勾山、浦西、展茅、螺門、蘆花）和蝦峙、桃花、螞蟻、登步島等除稅源管理壹科、稅源管理四科管轄外納稅人的稅源管理（包括進出口企業的稅源管理）。
⑹稅源管理三科
定海稅務分局稅源管理三科負責定海城區環南街道、城東街道、臨城街道等除稅源管理壹科、稅源管理四科管轄外納稅人的稅源管理（包括進出口企業的稅源管理）。
普陀稅務分局稅源管理三科負責沈家門街道（包括平陽浦），即原沈家門城區和普陀東港、朱家尖、白沙島、東極島等除稅源管理壹科、稅源管理四科管轄外納稅人的稅源管理（包括進出口企業的稅源管理）。
⑺稅源管理四科
定海稅務分局稅源管理四科負責除金塘、白泉、岑港地區以外所有個體工商戶、集貿市場的稅源管理工作。
普陀稅務分局稅源管理四科負責除六橫、普陀山地區以外所有個體工商戶、集貿市場的稅源管理工作。
金塘稅務分局繼續委托定海管理，六橫、普陀山稅務分局繼續委托普陀稅務分局管理。金塘、六橫、普陀山稅務分局暫不設內設機構。主要負責轄區內稅源管理以及納稅服務工作。