市、區人民政府商務主管部門負責農貿市場的行業管理，制定農貿市場建設和升級的專項規劃、基本標準，指導農貿市場建設和升級，開展農貿市場年度評估，並組織實施本辦法。
市、區工商行政管理部門負責對農貿市場經營主體的登記和交易進行監督管理。
規劃建設、城市管理行政執法、農業、公安、環保、衛生、質量技術監督、食品藥品監督、價格等行政管理部門應當在各自的職責範圍內依法對農貿市場進行監督管理。
鎮人民政府(街道辦事處)應當按照屬地管理原則，依法對轄區內的農貿市場進行日常監管，發現問題及時協調相關部門處理。第六條市、區人民政府應當建立農貿市場管理聯席會議制度，協調決定農貿市場規劃、建設和管理中的重大問題。第七條農貿市場專項規劃應當納入控制性詳細規劃，由市商務行政主管部門會同相關部門組織編制，經批準後向社會公布實施。第八條與人民生活密切相關的農貿市場，因城市建設需要拆遷的，應當按照規劃就近重建或者改建。第九條農貿市場交易活動應當遵循平等、自願、公平和誠實信用的原則，遵守商業道德，禁止不正當競爭和損害消費者權益的行為。
農貿市場管理應當遵循公開、公平、公正的原則。第十條農貿市場經營者、農貿市場管理公司和農貿市場入場經營者可以依法成立行業協會。
行業協會應當建立行業自律和協調機制，推進行業誠信管理。第二章設立和經營第十壹條公民、企業、事業單位、其他組織和境外投資者可以申請設立農貿市場。
農貿市場開辦者和農貿市場管理公司應當依法向工商行政管理部門申請商事登記，取得營業執照後，方可招租開辦農貿市場攤位和店鋪。第十二條農貿市場應當具備下列條件:
(壹)相應的場地和設施。
(2)交通、衛生、環保等必要條件。
(三)進場交易的商品符合國家有關規定。
(四)法律法規規定的其他條件。第十三條農貿市場經營者與農貿市場管理公司分離制度。
農貿市場開辦者應當設立或者委托具有法人資格的農貿市場管理公司管理農貿市場。第十四條農貿市場管理公司應當在商事登記或者簽訂委托合同後30日內到商務主管部門辦理備案手續。第十五條農貿市場經營者承擔配套設施建設、維護經營秩序、保證衛生、食品安全、消防安全和建築安全的管理責任。第十六條農貿市場管理公司按照公益性原則依法自主經營，收取場地設施租金及其他相關服務費，並有權拒絕法律法規規定以外的其他行政性收費和各種形式的攤派。第十七條農貿市場管理公司應當在農貿市場辦公場所懸掛營業執照、稅務登記證等營業執照，服務管理人員應當佩戴標誌上崗。第十八條農貿市場管理公司應當建立健全公示制度。在農貿市場門口設立宣傳欄和宣傳欄，公布農貿市場管理公司名稱、管理人員分工和農貿市場管理制度；公示經營者證照、違法記錄、農貿市場食品準入管理制度、農副產品抽檢結果、不合格商品退市等交易相關事項。
農貿市場管理公司應當在農貿市場設立投訴受理點，公布消費者投訴電話，接受消費者投訴並進行調解，協助有關部門處理交易糾紛。第十九條農貿市場開辦者和農貿市場管理公司應當按照公開、公平的原則，在符合國家食品衛生管理規定的前提下，劃定市場攤位和進場經營的商品，布置經營場地。
以零售為主的農貿市場應當劃出不低於農貿市場營業面積5%的專門區域，供農民銷售自產農副產品；政府投資的農貿市場內農民自產自銷面積不低於農貿市場營業面積的10%。
有活禽入場經營的農貿市場，應當按照規定設置相對獨立的生鮮家禽經營區域，建立消毒和無害化處理制度，配備相應的設施設備；未實行集中屠宰的地區農貿市場也要建設專門的活禽屠宰間，實行封閉屠宰加工。