單位和職工繳存比例最低不低於5%，原則上不高於12%(合計繳存比例為10%至24%)，具體標準由各地根據實際情況確定。這即是說，住房公積金繳納比例只有最低限制，上不封頂。但是，財政部、國家稅務總局《關於基本養老保險費基本醫療保險費失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號)中規定，單位和個人分別在不超過職工本人上壹年度月平均工資12%的幅度內，其實際繳存的住房公積金，允許在個人應納稅所得額中扣除。單位和個人超過上述規定比例繳付的住房公積金，應將超過部分並入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
這就是說，單位為個人繳納或者個人繳納比例超過12%的部分，將計入個人的工資、薪金所得，按照規定繳納個人所得稅。比如上海市目前的普通公積金繳存額為職工與企業各交工資總額的7%，如果有補充公積金，比例為工資總額的8%。兩項相加，單向繳存的最高額度為15%。如果12%以內的部分可以免征個稅，那麽超過的3%部分則需要繳納個人所得稅。
需要指出的是，根據《住房公積金管理條例》的規定，對繳存住房公積金確有困難的單位，經本單位職工代表大會或者工會討論通過，並經住房公積金管理中心審核，報住房公積金管理委員會批準後，可以降低繳存比例或者緩繳;待單位經濟效益好轉後，再提高繳存比例或者補繳緩繳。
二、住房公積金由誰負責繳納
1、住房公積金的征繳機構。根據《住房公積金管理條例》的規定，住房公積金的征繳機構為直轄市和省、自治區人民政府所在地的市以及其他設區的市(地、州、盟)的所設立的住房公積金管理中心。
2、住房公積金的繳納登記。根據《住房公積金管理條例》的規定，單位應當到住房公積金管理中心辦理住房公積金繳存登記，經住房公積金管理中心審核後，到受委托銀行為本單位職工辦理住房公積金賬戶設立手續。每個職工只能有壹個住房公積金賬戶。
新設立的單位應當自設立之日起30日內到住房公積金管理中心辦理住房公積金繳存登記，並自登記之日起20日內持住房公積金管理中心的審核文件，到受委托銀行為本單位職工辦理住房公積金賬戶設立手續。單位合並、分立、撤銷、解散或者破產的，應當自發生上述情況之日起30日內由原單位或者清算組織到住房公積金管理中心辦理變更登記或者註銷登記，並自辦妥變更登記或者註銷登記之日起20日內持住房公積金管理中心的審核文件，到受委托銀行為本單位職工辦理住房公積金賬戶轉移或者封存手續。