二、稅務機關是註冊稅務師行業的主管機關，它對全國註冊稅務師行業行使的是行政管理權。
三、中國註冊稅務師協會是屬於全國性壹級社團組織，它對行業實行的是自律性管理，而不具有行政管理權。
四、區別主要表現在以下三個方面：
壹是從機構的性質上看：註冊稅務師行業的主管機關是稅務機關，其具體承擔的主管機構是註冊稅務師管理中心。目前，只在國家稅務總局和省級稅務機關設立註冊稅務師管理中心。國家稅務總局註冊稅務師管理中心是國家稅務總局的內設職能機構，它對全國註冊稅務師行業行使的是行政管理權。中國註冊稅務師協會是屬於全國性壹級社團組織，它對行業實行的是自律性管理，而不具有行政管理權。目前，只在國家和省設立註冊稅務師協會。
二是從二者的職能上看：國家稅務總局註冊稅務師管理中心的主要職責是：擬定全國稅務代理的法規、制度以及有關政策，並對執行情況進行監督檢查；對全國註冊稅務師的執業資格進行認定、註冊、年檢和其它管理工作；組織編寫註冊稅務師執業資格考試大綱、考試指定教材，組織命題並協助有關部門做好考務工作；審核、審批稅務代理機構；查處重大稅務代理違章案件；做好稅務代理宣傳、組織國內外有關稅務代理的聯絡、交流和合作活動等事項。中國註冊稅務師協會的主要職能是：對註冊稅務師行業實行自律性管理。團結、教育執業註冊稅務師以經濟建設為中心，促進社會主義市場經濟的發展；保證稅收法律及規章制度的正確實施；監督執業和從業人員遵守職業道德，幫助委托人認真履行納稅義務；維護會員和被代理人的合法權益；加強會員的聯系與合作；協調執業註冊稅務師與委托代理人之間的關系；政府、有關部門與稅務代理機構及執業人員發揮橋梁紐帶作用等。
三是從二者的作用上看：註冊稅務師管理中心從自己的職能出發，對註冊稅務師行業進行管理和監督，負責審核、報批及審批稅務師事務所；對稅務師事務所及註冊事務師的執業行為進行監督檢查；按規定的職權處理違章行為等。註冊事務師協會對註冊事務師行業通過《註冊稅務師章程》進行自律性管理。承辦會員入會登記、實施行業指導；開展對執業稅務師的教育和培訓；維護會員的合法權益等項事項。