目前煙草業稅收改革的可行選擇，是首先取消煙葉稅，然後提高卷煙消費稅稅率，兩者前後銜接，並輔以配套措施。
問題
坦率地講，目前我國煙草業稅收主要存在以下四個問題：
煙葉稅違背稅收公平原則。2006年4月28日頒布並開始實施的《煙葉稅暫行條例》，以煙葉稅取代原煙葉特產稅，但納稅人、納稅環節、計稅依據等都保持了原煙葉特產稅的規定不變。盡管煙葉稅不直接向煙農征收，而是在收購環節向煙草公司征稅，但因為收購價為含稅價，煙草公司往往通過壓低煙葉收購價格而將最終稅負轉嫁到了煙農身上。煙農也是靠種地為生的農民，但仍然被排斥在享受免征農業稅政策的農民之外。再加上種植業的弱質性，煙農的收益更加微薄和不穩定。這種分配的不平衡導致煙農始終處於不對等的弱勢地位。
在壹定程度上導致地方財政扭曲。在現行涉及煙草業稅收的分稅制方面，有三個原因使得煙草業稅收與地方財政收入密切相關，確切地說，是與產煙地區的財政收入密切相關，並進而導致地方財政扭曲。第壹，由於煙葉稅收入直接劃歸地方財政，導致地方政府為了征收煙葉稅，重視發動種植，甚至追求煙葉產量而不顧市場需求，盲目發展煙葉生產。第二，由於煙草稅收在固定基數中所占的比重很大，且以後返還額與兩稅增長情況掛鉤，刺激地方政府大力發展煙草業。第三，卷煙消費稅在生產環節征收，使得卷煙生產地區獲得的財政收益遠遠大於銷售地區，也使得各地卷煙生產量成了決定地方可支配財力的重要因素。上述三個原因導致地方政府對本地區的煙草種植和卷煙工業的關註程度以及由此引發的幹預保護程度，大大高於煙草商業以及其他產業，實際對煙草業起到了鼓勵生產的作用。
煙草企業稅收負擔不均衡。煙草制品業是煙草業稅收中的主要貢獻者。2006年，全國煙草制品業納稅額占煙草業納稅額的比重超過80%，而煙草制品批發業納稅額占煙草業納稅額的比重不到20%.這在壹定程度上也說明卷煙生產企業稅負重於卷煙銷售企業。這主要是因為消費稅是在生產環節征收，完全由卷煙生產企業繳納造成的。此外，卷煙消費稅都由生產企業繳納，作為價內稅，生產企業把這項稅費加入成本，對企業的成本壓力很大，而且生產企業還沒有銷售出產品就要提前繳稅，也占用了企業的周轉資金。
煙草品牌稅收負擔不均衡。對於卷煙消費稅，現在實行的是有差別的從量計征和有差別的從價計征復合征收辦法，並以卷煙調撥價格或核定價格作為計稅價格。由於我國卷煙生產企業數量眾多，而且每家企業又生產多種規格和牌號的卷煙，在這種情況下，完全由稅務機關來核定每家企業每種品牌、每種規格的計稅價格，受各種因素的影響，計稅價格的確定不可能很準確，加之某規格的卷煙計稅價格確定後，壹般都是1年或1年以上時間內不再變動，所以，核定結果的調整常常嚴重滯後於市場情況的變化，這就不可避免地造成各卷煙品牌間的稅負不公和競爭扭曲。對煙草企業而言，消費稅計稅價格直接限制了企業卷煙產品價格的調整空間，稅率直接影響卷煙產品結構。
方案
基於上述問題，筆者認為，我國煙草業稅收的改革，應該兼顧煙農、煙草企業、政府和消費者等各方面的利益。根據國情，我國煙草稅改革的目的應該包括三個層次：首先是控制吸煙，其次是保證地方政府收入，然後是減輕煙農負擔和均衡煙草企業稅負。其中，控制吸煙屬於目標，或者說屬於終極目標，“寓控於征”、“寓禁於征”只是手段，但保證地方政府收入、減輕煙農負擔和均衡煙草企業稅負卻是必須考慮的現實問題。盡管稅收不是控制吸煙的惟壹手段，以及稅收剝離人們的煙草依賴性的作用有限，但稅收對引導人們的消費取向具有天然的調節作用，稅收仍然是控制煙草消費的重要而可行的手段。另外，隨著《煙草控制框架公約》的正式生效，我國作為締約方在未來不斷提高煙草價格及稅收已勢在必行。目前煙草業稅收改革的可行選擇，是首先取消煙葉稅，然後提高卷煙消費稅稅率，兩者前後銜接，並輔以配套措施。
當前繼續征收煙葉稅的主要原因是原煙葉特產稅占地方政府稅收收入的比重過高，若立即取消對產煙地區地方政府沖擊太太。綜合考慮當前的形勢和條件，進壹步改革煙葉稅的方向是逐步降低煙葉稅稅率然後過渡到徹底取消，並按總額不變的原則相應提高卷煙消費稅稅率。同時，有必要改變卷煙消費稅的征收環節來調整稅收分配，即將現行的由生產環節征收改為在生產及批發兩個環節征收，並將其改為中央與地方***享稅種。在生產環節征收的卷煙消費稅劃歸中央財政，在批發環節征收的卷煙消費稅劃歸地方財政。