壹、監管力度不同。
保稅區在海關的特殊監管範圍內，貨物入區前須在海關登記，保稅區貨物進出境內、境外或區內流動有不同的稅收限制；
而自由貿易區是在海關轄區以外的、無貿易限制的關稅豁免地區。
二、儲存時間限制不同。
保稅區的貨物存儲有時間限定，壹般為2～5年；
而在自由貿易區內，貨物存儲期限不受限制。
三、貨物管理方式不同。
由於保稅區內的貨物是“暫不征稅”，對貨物采用賬冊管理方式；
而在自由貿易區，主要考慮貨暢其流為基本條件，多數自由貿易區采取門崗管理方式，運作手續更為簡化，交易成本更低。
四、功能作用不同。
目前許多保稅區的功能相對單壹，主要是起中轉存放的作用，對周邊經濟帶動作用有限；
而自由貿易區壹般是物流集散中心，大進大出，加工貿易比較發達，對周邊地區具有強大的輻射作用，能帶動區域經濟的發展。
擴展資料：
隨著時間的發展，自由貿易區發展逐漸呈現以下特點：
1、數量不斷增加
最典型的是美國對外貿易區的迅速增長。
2、功能趨向綜合
隨著自由貿易區數量的持續增長，自由貿易區的功能也在不斷擴展。
3、管理不斷加強
各國的自由貿易區在初創時由於條件不同，功能各異，管理水平也相差較大，但是經過幾十年的競爭發展，各國自由貿易區的管理已逐漸趨向規範化。
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