保稅區是指經批準設立，由海關監管，可以長期儲存貨物的區域。定位為“保稅倉儲、出口加工、轉口貿易”。綜合保稅區是在內陸地區設立的集出口加工區、保稅物流區和港口功能於壹體的具有保稅港區功能的海關特殊監管區域。綜合保稅區是在保稅區之後產生的，其功能定位延續了保稅區的特點，但又有區別，所以體現在稅收政策上，保稅區和綜合保稅區既有相同之處，也有不同之處。
兩個稅收政策的相似之處在於，保稅區和綜合保稅區基於“兩頭在外”的特殊區域定位，以鼓勵出口為導向，因此境外貨物入區即享受保稅政策，具體為:壹是境外貨物進入保稅區或綜合保稅區享受免征進口的稅收政策，而直接離開保稅區或綜合保稅區的貨物免征出口關稅和增值稅；二是區內企業加工生產的貨物銷售給區內企業的，免征增值稅和消費稅；三是對從區內運往境內區外的貨物，按照進口貨物的有關規定辦理進口申報手續，對申報貨物征收增值稅和消費稅。
保稅區和綜合保稅區在稅收政策上有更多的區別。
壹是綜合保稅區實行“入區退稅”政策，保稅區實行“離境退稅”政策。綜合保稅區具有“境內通關”地位，境內區外符合條件的貨物可享受“入區後退稅”政策；保稅區只具備境外貨物的保稅功能，境內區外貨物進入保稅區不能享受出口退稅政策，而是與境內貨物同等對待。只有保稅區的貨物出口到國外，符合條件的才能申請出口退稅。
這壹政策劃分的來源是《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於印發〈出口貨物退(免)稅若幹問題的規定〉的通知》(財稅[1995]92號)中的規定:“對從非保稅區運往保稅區的貨物不予退(免)稅。”《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於出口貨物和服務增值稅、消費稅政策的通知》(財稅[2012]39號)雖然廢止了92號文件，但39號文件第壹條第二款規定的出口貨物中，只有出口加工區、保稅物流園區、保稅港區、綜合保稅區、珠澳跨境工業區等特殊區域， 中哈霍爾果斯國際邊境合作中心和保稅物流中心(B型)在列，仍然不包括保稅區，也就是說進入保稅區的貨物不視為出口貨物，不能享受出口退稅政策。
二是綜合保稅區內的企業不能認定為壹般納稅人，不能使用增值稅專用發票。對於從事貨物生產和加工服務的企業，由於綜合保稅區具有“境內通關”地位，在綜合保稅區註冊的企業無法認定增值稅壹般納稅人資格，無法使用增值稅專用發票。保稅區不是這樣的。如前所述，境外貨物進入保稅區不能享受出口退稅政策，只能按內銷處理。因此，保稅區內的企業可以認定增值稅壹般納稅人，使用增值稅專用發票。
值得註意的是，目前沒有直接文件明確綜合保稅區內企業不能認定壹般納稅人和使用專用發票。目前的管理主要是基於政策原則。《中華人民共和國增值稅暫行條例》將在中華人民共和國境內銷售貨物或者提供加工修理修配勞務以及進口貨物的納稅人定義為增值稅納稅人。關於這個“境內”的概念，《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》明確是指貨物的起運地或者銷售地在境內，或者沒有更明確的地域定義。《國家稅務總局關於出境口岸免稅店增值稅政策有關問題的通知》(國〔2008〕81號)規定:“《增值稅暫行條例實施細則》第七條規定的‘境內’是指中華人民共和國境內”。根據這壹點，由於其“國內通關”的身份，我們可以明確綜合保稅區內的企業不屬於增值稅的範圍，因此區內企業不作為增值稅納稅人。但根據《中華人民共和國國家稅務總局關於公布全文失效和部分條款廢止的稅收規範性文件目錄的公告》，該文件於2011廢止。目前還沒有新的政策文件明確增值稅的屬地是否為通關地。但從綜合保稅區的自身定位和出口退稅政策的實施情況來看，增值稅的屬地等於關區的範圍是符合增值稅政策原則和管理實踐的。