各分公司根據營業收入、員工薪酬、總資產計算其分成比例，三者權重分別為0.35、0.35、0.3。
各分行分攤的預付款按照以下公式計算:
各分行分擔的預付款=各分行分擔的預付款總額×本分行分擔比例。
其中包括:
所有分支機構應分攤的預繳總額=統壹計算的當期應納企業所得稅×50%。
本分行的分成比例=(本分行營業收入之和/所有分行營業收入)×0.35+(本分行員工工資之和/所有分行員工工資)×0.35+(本分行總資產之和/所有分行總資產)×0.30。
上述公式中，分行僅指需要參與本地提前還款的分行。
納稅程序
(1)分行分攤的預繳稅款、最終滯納金和滯納金(包括滯納金和罰款)，由分行就地繳庫。分支機構所在地的稅務機關開具完稅證明，
根據企業所有制性質，預算科目欄應填列“分支機構預繳所得稅”1010440項、“分支機構匯算清繳所得稅”1010449項、“企業所得稅、滯納金及罰款收入”1010450項。
(2)總公司預繳稅款(包括滯納金和罰款)、匯算清繳、補查稅款，由總公司合並辦理地方繳庫。中央和地方的分配方式是中央60%，企業所得稅待分配收入(暫列為中央收入)20%，總公司所在地20%。
總機構所在地稅務機關開具完稅證明，預算科目欄根據企業所有制性質填寫1010441“總機構預繳所得稅”，1010442“總機構匯算清繳所得稅”，1010450。
“滯納金和罰款收入”項下相關項目級科目的名稱和代碼，“中央60%、中央20%(待分配)、地方20%”按上述分配比例在“級次”欄填寫。
國庫部門收到稅款(含滯納金和罰款)後，將其中的60%列為中央級“總公司預繳所得稅”、“總公司結算所得稅”、“1010442”。
20%計入中央級項目1010443“待分配企業所得稅”下相關目標級科目，20%計入地方級項目101041“總公司預繳所得稅”和1010442。
(三)對多繳的稅款，由分支機構和總機構所在地稅務機關開具收入退還書，按規定退還國庫。收入退還書的預算科目應按企業所有制性質填列，預算級次按原支付級次填列。
以上內容請參考百度百科-總機構及跨省市分支機構企業所得稅分配及預算管理辦法。