(1)由於經濟管理體制的種種原因，雖然稅收法律法規中有規定，但實際可操作性不強或者沒有。比如，目前我國部分納稅人實行定期定額征收管理，極大地方便了納稅人的納稅和稅務機關的管理。但是，由於缺乏強有力的可操作的納稅認定標準，同行業、同地點的納稅人往往會對其納稅定額產生爭議。此外，這些納稅人應根據稅收征管法和其他有關規定，如實申報其應稅銷售額或應稅收入。當納稅人超過應納稅銷售額或應納稅所得額時，應補繳稅款。但納稅人在未超過應納稅銷售額或應納稅所得額時，仍要繳納核定的稅款，容易引起爭議。
(2)稅收法律法規雖有規定，但沒有相應的具體規定和配套措施，導致稅務機關、納稅人和扣繳義務人因理解不同而產生不同的處理結果，從而引發爭議。
(3)稅收法律法規沒有規定。由於我國市場經濟的快速發展，稅收法規作為經濟制度的重要組成部分，理論研究相對滯後，壹些剛剛出現的新問題、新現象沒有納入現行稅收征管法律體系，導致稅務機關和納稅人對新現象的不同認識產生沖突。
(4)稅收法律法規的規定與其他行業法律法規和行業標準相脫節，如金融、煙草、石油等。，導致納稅人和扣繳義務人雙向違法。遵守稅收法規會受到違反行業法規的處罰，遵守其他行業法規會受到違反稅收法規的處罰，從而引發納稅人與扣繳義務人、稅務機關之間的糾紛。
(5)稅收法規中的壹些規定不符合效率與公平原則，缺乏對行政相對人的考慮。如稅收法律法規中關於稅務行政處罰的規定，只是過於原則地簡單列舉了應受處罰的行為，對稅務行政相對人的違法行為沒有進行分類，處罰範圍也模糊為“並處應納稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。而對於處罰50%以上5倍以下的違法行為對應的處罰沒有明確規定，導致稅務機關及其工作人員自由裁量權過大，可能導致行政處罰不公。
納稅人和扣繳義務人的理由