采用差額征稅方式進行入賬時，需要根據收入確認的不同方式。
差額征稅的方式主要有：
1、采用總額法確認收入差額征稅的會計處理。采用差額征稅方式計算和繳納增值稅，即企業在提供應稅勞務時，按照營改增有關政策的規定允許從銷售額中扣除其支付的其他單位和個人價款的，可以在增值稅銷項稅額中抵減。收入確認采用總額法時，如果企業是壹般納稅人，其減少的銷項稅額借記“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額抵減）”科目；而如果是小規模納稅人企業應借記“應交稅費——應交增值稅”科目；
2、采用凈額法確認收入時差額征稅的會計處理。按照稅法規定，采用差額征稅方式，企業在提供應稅勞務時，允許從銷售額中扣除支付給其他單位和個人價款的，可以在增值稅銷項稅額中抵減。在收入采用凈額法確認的前提下，其收入按照扣除支付給其他企業或個人的余額進行確認，並按增值稅相關規定確認的銷售額計算增值稅銷項稅額，並計入“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）”；
3、在全部價款和價外費用允許扣除的價款需取得合規發票（有效憑證）。采用差額征稅方式，允許從全部價款和價外費用中抵減的價款，需要取得稅法規定的有效發票或憑證，否則不可以扣除。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行；法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。
納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。第五條 國務院稅務主管部門主管全國稅收征收管理工作。各地國家稅務局和地方稅務局應當按照國務院規定的稅收征收管理範圍分別進行征收管理。
地方各級人民政府應當依法加強對本行政區域內稅收征收管理工作的領導或者協調，支持稅務機關依法執行職務，依照法定稅率計算稅額，依法征收稅款。
各有關部門和單位應當支持、協助稅務機關依法執行職務。
稅務機關依法執行職務，任何單位和個人不得阻撓。