對於認證時已經超過90天認證期的專用發票，因為無法認證，所以無法申請開具《通知》，也就是說無法申請開具紅字發票。
《國家稅務總局關於開具紅字增值稅發票有關問題的公告》(國家稅務總局公告第47號，2016)
第壹條規定，增值稅壹般納稅人開具增值稅專用發票後，因銷售退回、開票有誤、暫停應稅服務等原因不符合發票作廢條件，或者因部分銷售退回、銷售折扣等原因需要開具紅字專用發票的，分別情況處理:
如果賣方開具的專用發票尚未交付給買方，且買方未使用該發票申報抵扣並退回發票和抵扣，賣方可在新系統中填寫並上傳信息表。賣方在填寫信息表時，應填寫相應的藍色專用發票信息。
分析上述規定可知，未交付給買方的增值稅專用發票需要開具紅字發票，信息表必須在“認證期”內上傳的規定已經失效。
2016第47號公告並未規定必須在“認證期”內。從文件上說，超過認證期限未認證的發票，也可以用紅墨水開具。雖然從新的增值稅發票管理系統可以開具，但如果逾期不認證，開完紅票後再重新開具藍字發票，可能會給企業帶來涉稅風險。因此，建議在開具紅字發票前征得稅務機關的同意。
賣方應開具紅色專用發票和通知。因此，認證時已超過90天認證期的專用發票，因無法認證，不得申請開具《通知》。
擴展數據
不符合作廢條件的，按以下要求開具紅字增值稅發票:
1.開具紅字增值稅專用發票的適用範圍
買方在取得專用發票後，如發生貨物退回或開票錯誤，但不符合作廢條件，以及賣方復印的發票因重復抄稅導致當月無法作廢，或部分退貨、打折等情況，可向主管稅務機關申請開具紅字增值稅發票。
2.開具紅字增值稅專用發票的過程
買方應向主管稅務機關填寫《開具紅字增值稅專用發票申請表》(以下簡稱《申請表》)，經主管稅務機關審核後，開具《開具紅字增值稅專用發票通知書》(以下簡稱《通知書》)。賣方只能憑買方提供的通知開具紅色專用發票。
買方向主管稅務機關申請開具通知書時，應提供以下資料:
(1)申請表(需加蓋買方財務專用章或發票專用章)；
(2)相應藍字發票原件及復印件(復印件需加蓋買方財務專用章或發票專用章)；
(3)退貨或要求折扣的，應提供相關合同、協議的原件及復印件(復印件需加蓋買方公章)；
(4)藍字發票對應的相關會計憑證原件及復印件(復印件需加蓋買方財務專用章或發票專用章)；
(5)承諾書(說明該業務確實是實實在在的回報，沒有實際回報的，承諾不予扣除。僅適用於“過期發票”。)
(六)主管稅務機關要求的其他材料。。
經主管稅務機關審核同意後，原件和復印件應退還，並保存在申請表第二聯中。
申請表對應的藍色專用發票應經稅務機關認證。認證結果為“認證合格”且已抵扣增值稅進項稅額的，買方在填寫申請表時可以不填寫相應的藍色專用發票信息。
認證結果為“納稅人識別號與認證不符”或“專用發票代碼、號碼與認證不符”的，購買人在填寫申請表時應填寫具體原因及對應的藍字專用發票信息。
買方購買的貨物不屬於增值稅抵扣範圍，取得的專用發票需要開具紅字發票的，由買方填寫申請表，在申請表上填寫具體原因及對應的藍字專用發票信息，主管稅務機關審核後開具通知書。
買方主管稅務機關開具通知書時，如實際返還或銷售折扣或抵扣未認證且認證期已過，應在通知書上註明“逾期發票”字樣。註明“過期發票”的通知只能由買方簽發。
主管稅務機關出具的加蓋主管稅務機關印章的通知書壹式三份:第壹份由買方主管稅務機關留存；第二份副本由買方送交賣方留存；第三份由買方保留。
主管稅務機關開具註明“發票逾期”字樣的通知書，按月審核相應業務的發生情況，無實際返還或銷售折扣的不予抵扣進項稅額。
百度百科-增值稅發票
百度百科-增值稅紅字發票
中華人民共和國國家稅務總局-關於開具增值稅紅字發票有關問題的公告