為了保證閣臣的質量，他還下令“擇知（縣）、推（官）治行卓絕者入翰林”，以克服其“儒綏不習吏事，無以理紛禦變”的缺陷，所有這些不拘壹格用人的主張，都使當時朝政有了極大的改進。另外，對於前朝弊政，他也進行了大刀闊斧的改革，比如，他壹即位便首先除宦官魏忠賢壹黨，銷毀《三朝要典》，平反糾正了壹大批冤假錯案，重新起用東林黨人錢龍錫、倪六璐等，使得朝野上下有正義心者人人稱快。對於邊關戰事，他派袁崇煥等名將鎮守遼東邊界，軍備得到休整。自從中葉以後，政治上昏庸腐敗之風日盛，積弊太深，崇禎帝雖然想有所作為，實乃回天乏力。崇禎帝繼位後，雖鏟除了魏氏，從新起用東林黨人，但王朝內部的黨爭並未消滅，相反，卻更加激烈。各派系之間不斷地勾心鬥角，互相排擠，爭權鬥利，搞得朝無寧日，崇禎帝在位僅十七年的時間內，內閣大臣就換了五十多位，邊關將吏更是不知被調換了多少次，搞得人人自危，直接導致了政治的敗壞。
作為壹位少年天子，崇禎帝頗為自負，遇事喜歡自作聰明、剛愎自用、獨斷專行，聽不進逆耳之言。同時，他所面臨的復雜局勢和他的急躁脾氣，又使他往往因急功近利而頭痛醫痛、腳痛醫腳。在處理棘手的政務難題時，他往往遷怒於文武百官，怪他們不盡職盡責，以至於造成了“重典繩下”的局面，搞得“上下囂然”。剛愎自用和虛榮心使他聽不進逆耳之言，只喜歡聽相同的意見，遂給善於奉迎的大大小小奸佞之徒竊官大開了方便之門，竊居高位的溫體仁便是壹例。另外，崇禎帝為人多疑，好猜忌，總是不信任各位文武大臣。剛剛繼位時，他對宦官進行約束，不加重用。但自從崇禎二年（1629年）冬，後金兵進入內地騷擾，京師戒嚴後，崇禎帝便公開表露了他對百官不信任的態度，開始重新起用宦官。
他先是在這壹年的十壹月十日，“遣乾清宮太監王應朝監視行營”，十七日，“遣太監馮元升核軍，畢，詔下戶部發餉。又命太監呂直勞諸軍”。十二月，又以“司禮太監沈良佐，內官太好呂直（提）督九門及皇城門，司禮太監李鳳翔總督忠勇營，提督京營”。自開此或後，宦官派出的越來越多。除去監督軍餉外，宦官們還被派去督察錢糧稅務、恭馬，司法等各項政務。宦官們對文武大臣政務的監督，名為“督”，實為“監視”侵奪了官吏將領的職權，也影響了統治集團內部的和諧秩序，因此遭到朝臣的反對。而崇禎帝對此置之不理，壹昧寵信宦官，凡是與宦官發生沖突者，他在處理中總是偏向宦官的壹邊。宦官幹政，不僅引起了文臣武將與宦官們的矛盾，嚴重影響了文臣武將的積極性，而且由於宦官們的恣意妄為大大幹擾和敗壞了軍政事務，更加劇了崇禎政權的政治危機。
貪官汙吏，是封建僚政治體制的壹大痼疾，整個明代，這個問題就壹直存在，並且日益發展。在萬歷、天啟年間它已十分嚴重，進入崇禎年間，則更加厲害。官吏升遷，全靠賄賂，部隊的武官，則靠”虛冒”、“吃空額”來貪汙軍費，貪婪腐朽的封建官吏要維持自己驕奢淫逸的寄生生活，必然要搜刮民脂民膏，殘酷地剝削人民的血汗，另外，由於崇禎壹朝政局不穩，戰爭頻仍，崇禎政權外要對付後金，內要鎮壓農民起義，必然需要大量的軍費開支，而軍政的腐敗，又使靡費軍餉數額甚巨，勞動人民身上被強加了沈重的賦稅負擔，農民不僅飽受戰亂之苦，沒有條件休養生息，反而要承擔沈重的苛捐雜稅，生活極端困苦。不堪忍受的農民終於起來反抗，爆發了聲勢浩大的以李自成、張獻忠為領導的農民大起義，從陜西起來後迅速席卷全國各地。
同時，早就野心勃勃想入主中原的清廷虎視眈眈地註視著明王朝，壹有可乘之機即會揮師而來。外有強兵壓境，內有農民起義，明朝的江山已是危在旦夕，明王朝處於腹背受敵的困境。這時的明王朝本該戮力同心，上下團結並奮起禦敵，但他們仍在爭權奪利，互相傾軋，大興冤獄，無暇也無意理會風起雲湧的戰爭形勢。在前線抗敵的將領得不到朝廷信任，被殺、被撤者比比皆是，將士們人人自危，即使不被殺、被撤，也無力將全部精力集中於抗敵事宜。朝廷內部，更是“相率自愚，莫有以賊在意者。”農民起義軍攻擊襄陽地區後，內廷重臣張鳳翼竟以為“賊走南，已入絕地，此賊不食大米，賊馬不識稻草，行自斃矣”，迂腐僵化，自欺其人到了可笑的程度。在這種腹背受敵，內外交困的局勢面前，崇禎帝手足無措，無計可施，只好寄希望於神的保佑。他拜天祭地，希望列祖列宗能幫他保住明朝基業，用盡了種種辦法；比如，他先是崇信西方傳入的天主教，後又改拜佛教，用術士率兵抗敵，還派人去南京勘察龍脈。可惜，諸位神靈既不能阻擋農民起義軍前進的步伐，更無力挽回明王朝覆滅的命運。崇禎十七年（公元1644年）三月，北京城被李自成率領的農民起義軍攻破，崇禎帝叛親離，只好在煤山自縊，明王朝在全國的統治至此結束。