出口企業在辦理出口退稅時要特別註意申報程序和時間觀念，避免損失。出口企業在辦理出口退稅時應註意四個時限:
壹個是“30天”。外貿企業采購出口貨物後，應及時向供應商索要增值稅專用發票或普通發票，屬於防偽稅控增值稅發票，必須自開票之日起30日內辦理認證手續。
第二個是“90天”。外貿企業必須在貨物報關出口之日起90天內辦理出口退稅申報手續，生產企業必須在貨物報關出口之日起3個月內辦理免稅申報手續。
第三個是“180天”。出口企業必須自貨物報關出口之日起180日內向當地主管退稅部門提供出口收匯核銷單(遠期外匯收入除外)。
第四個是“3個月”。出口企業出口貨物紙質退稅憑證遺失或內容填寫錯誤，可按有關規定補辦或變更的，出口企業可在申報期內向退稅部門申請延期申報出口貨物退(免)稅，經批準後可延期申報三個月。
專用稅收繳款書和納稅分割單
(壹)是否加蓋付款人公章或財務章，是否有付款人稅務部門的征稅專用章，是否有銀行(國庫)簽章；
(二)法定稅率和征收率是否正確；
(三)繳款書註明的發票號碼是否與對應的增值稅專用發票(抵扣聯)號碼壹致；
(4)產品的名稱、數量、金額、計量單位是否與增值稅專用發票壹致；
(五)稅收專用繳款書(出口貨物)中的納稅人識別號和海關編碼是否與增值稅專用發票和出口貨物報關單上註明的壹致；
(六)壹份繳款書(出口貨物專用)在銷售發票號碼欄中只能填寫五個增值稅專用發票號碼；
(七)根據電子化管理的要求，專用繳款書最多只能填寫三欄；
(八)繳款書所列項目有誤的，不得在原繳款書上更改，由繳款書所在地稅務機關出具更正證明；
(九)拆分單中的金額是否正確；
(十)總局和省局規定的其他要求。
增值稅專用發票(抵扣)
(1)是否加蓋發票專用章；
(二)電腦版增值稅專用發票，是否經過防偽稅控認證(無密碼區除外)；
(三)銷售單位名稱是否與付款書中的供應商名稱壹致；
(四)來自騙稅多發地區(廣東省汕尾市:陸豐、陸河、海豐；廣東省汕頭市:潮陽、澄海、南澳；廣東省揭陽市:揭東、揭西、普寧；廣東省潮州市:潮安、饒平)廠家是否單獨進貨；
(5)2003年7月1日以後開具的手寫版增值稅專用發票，除稅務機關更換的小規模納稅人外，不予認可；
(六)總局和省局規定的其他要求。
出口貨物的出口發票
(壹)出口企業法定代表人是否簽字或蓋章；
(二)發票上開具的貨物是否與報關單壹致；
(三)按照外貿金融規定應執行的其他內容。
重點審計內容
(壹)是否加蓋出口企業單位的財務印章或公章；
(2)銷售明細賬中註明的外幣金額是否與出口發票、核銷單、報關單中的外幣金額壹致；
(三)按照外貿財稅法規定應當執行的其他內容。
出口收匯核銷單
(壹)是否加蓋外匯管理部門“國家外匯管理局湖北分局已核銷”印章；
(二)是否與報關單上註明的核銷號壹致。
報關單
(壹)報關單上註明的生產商或發貨單位是否與繳款書上的供應商壹致；
(二)是否加蓋海關驗訖印章；
(三)報關單上註明的貨物名稱、數量是否與繳款書或分割單、專用發票壹致；
(四)應符合出口貨物報關管理要求的其他內容。
同上，第七卷
(1)協會編號的申報是否正確；
(二)數據是否按要求準確上報，是否與所附原始憑證壹致；
(三)《匯總申報表》的印章和簽名是否齊全；
(四)《匯總表及附表》中的數據是否與申報軟盤的電子數據壹致；
(五)其他應符合出口退稅電子化管理要求的內容。