增值稅暫行條例及實施細則規定，非正常損失的購進貨物的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。所謂非正常損失是指生產經營過程中正常損耗以外的損失，包括因管理不善而造成的貨物盜竊、發生黴爛變質等損失和其他的非正常損失。雖然稅法規定非正常損失存貨進項稅額不能抵扣，然而會計上對於存貨非正常損失的不同的賬務處理卻可以對增值稅產生不同的影響。
下面通過舉例來說明不同的賬務處理對於存貨非正常損失增值稅稅務籌劃的影響。
案例
甲公司屬增值稅壹般納稅人，銷售貨物使用17%的增值稅稅率。2006年甲公司購入壹批生產用原材料，該批原材料不含稅價格為100萬元，取得的增值稅專用發票註明的增值稅額為17萬元。後來該批原材料由於管理不善變質導致無法使用，甲企業對其進行清理後作價出售，取得變價收入10萬元，假設甲企業的會計處理如下：
第壹種會計處理方法：
（1）轉入清理時
借：待處理財產損溢?待處理流動資產損溢
1170000
貸：原材料
1000000
應交稅費?應交增值稅（進項稅額轉出）
170000
（2）取得變價收入時
借：銀行存款
100000
貸：待處理財產損溢?待處理流動資產損溢
85470
應交稅費?應交增值稅（銷項稅額）
14530
（3）結轉清理損益
借：營業外支出
1084530
貸：待處理財產損溢?待處理流動資產損溢
1084530
分析：按照上述會計處理方法甲企業在進行賬務處理時將該批原材料全部轉入清理，這就意味著該批原材料全部發生損失，因此與該批原材料有關的進項稅額也應全部轉出，不得抵扣。同時企業在將原材料清理出售時取得的變價收入還應按17%的稅率計算應交納的增值稅。
然而事實上，企業在將原材料變價時取得收入10萬元，我們可以認為該批原材料並不是全部發生損失。由此可以看出不得抵扣的進項稅額應該是發生非正常損失部分的進項稅額，應該將這部分對應的進項稅額轉出，而對於取得的清理收入部分則可以認為未發生損失，在稅法上對此也未作明確的規定，只要企業在進行賬務處理時不將其作為非正常損失處理，就無須將該部分的進項稅額轉出。
第二種會計處理方法：
（1）轉入清理時
企業實際發生的存貨非正常損失金額=1000000－100000/（1＋17%）=914530（元）
存貨非正常損失應轉出的進項稅額=914530?17%=155470（元）
企業實際發生損失時，按扣除取得的變價收入後的金額轉入待處理財產損溢。
借：待處理財產損溢?待處理流動資產損溢
1070000
貸：原材料
914530
應交稅費?應交增值稅（進項稅額轉出）
155470
(2)取得變價收入時,將取得的變價收入確認為?其他業務收入?，同時結轉該部分原材料的成本計入?其他業務支出?。
借：銀行存款
100000
貸：其他業務收入
85470
應交稅費?應交增值稅（銷項稅額）
14530
借：其他業務成本
85470
貸：原材料
85470
（假設本例中原材料按成本價出售）
分析：相比第壹種會計處理方法，少繳增值稅14530元。