存貨盤虧應記入待處理財產損溢科目。
存貨盤虧批準之前的賬務處理是，
借：待處理財產損益，
貸：庫存商品等科目，
應交稅費—應交增值稅（進項稅額轉出）。
存貨盤虧批準之後的賬務處理是，
借：其他應收款，
營業外支出等科目，
貸：待處理財產損益。
存貨盤虧：
存貨盤盈是指單位清查出無賬面記載或反映的庫存材料、低值易耗品、在產品和產成品等。根據存貨盤點表、經濟鑒證報告或證明、其他材料（保管人對於盤盈的情況說明、價值確定依據等）進行認定。
企業進行存貨清查盤點，應當編制“存貨盤存報告單”，並將其作為存貨清查的原始憑證。經過存貨盤存記錄的實存數與存貨的賬面記錄核對，若賬面存貨小於實際存貨，為存貨的盤盈；反之，為存貨的盤虧。對於盤盈、盤虧的存貨批準處理前要記入“待處理財產損溢”科目，待查明原因進行處理。
相關規定：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第十條規定，非正常損失貨物的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。但在日常稅務稽查中，我們經常會遇到企業存貨盤虧未作進項稅額轉出或雖作進項稅額轉出但計算不準確的問題，這就需要大家在稽查過程中嚴格執行稅務稽查的工作規程和法定程序，選擇正確的檢查方法和合理的檢查步驟，確保進項稅額轉出金額的準確性。
存貨盤盈與固定資產盤盈的區別：
《企業會計準則第28號—會計政策、會計估計變更和差錯更正》第11條中提到“前期差錯通常包括計算錯誤、應用會計政策錯誤、疏忽或曲解事實以及舞弊產生的影響以及存貨、固定資產盤盈等。”
存貨和固定資產的盤盈都屬於前期差錯，但存貨盤盈通常金額較小，不會影響財務報表使用者對企業以前年度的財務狀況、經營成果和現金流量進行判斷，因此，存貨盤盈時通過“待處理財產損溢”科目進行核算，按管理權限報經批準後沖減“管理費用”，不調整以前年度的報表。
而固定資產是壹種單位價值較高、使用期限較長的有形資產，因此，對於管理規範的企業而言，在清查中發現盤盈的固定資產是比較少見的，也是不正常的，並且固定資產盤盈會影響財務報表使用者對企業以前年度的財務狀況、經營成果和現金流量進行判斷。因此，固定資產盤盈應作為前期差錯處理，通過“以前年度損益調整”科目核算。