首先，對於已經超過三年的應收應付賬款，可以進行確認為壞賬準備或壞賬損失，並在納稅申報中扣除。具體處理步驟如下：
1. 確定壞賬準備的金額：根據企業的會計政策和內部控制制度，根據壞賬風險的評估、客戶的信用情況和歷史數據，確定需要計提的壞賬準備金額。
2. 確認壞賬準備的時機：通常是在年度審計過程中，根據專業的會計師事務所的審計報告和企業內部的審計程序，進行壞賬準備的確認。同時需要確保壞賬準備的計提符合會計準則和稅法要求。
3. 納稅申報中的扣除：將確認的壞賬準備金額在企業所得稅的納稅申報中，作為費用扣除，並在相關報表中做相應的披露和說明。
總結起來，超過三年的應收應付賬款可以根據具體情況確認為壞賬準備，並在納稅申報中扣除。這樣可以減少企業的納稅負擔，提高資金流動性。
擴展資料：
1. 壞賬準備計提的方法：企業可以根據不同的壞賬風險情況，采用百分比法、特定計提法或個案進行計提。需要註意的是，壞賬準備的計提必須有合理的依據和證明，遵守會計準則和稅法的相關規定。
2. 壞賬的認定標準：根據中國的稅法，企業確認壞賬時需要滿足以下條件：（1）債權確實無法收回；（2）債權確實已經超過三年；（3）債權確實經過了合理的追索程序。
3. 壞賬準備的會計處理：企業在確認壞賬準備時，應當將準備金計入本期損益，並在資產負債表中列示為應收賬款的減值準備。
以上是對超過三年應收應付賬款的稅務處理的回答，根據中國的稅法規定，企業可以確認為壞賬準備，並在納稅申報中進行扣除，以減少納稅負擔。如需進壹步了解，建議咨詢會計師或稅務專業人士。